Замошч получава градски права през 1580 г. въз основа на харта за местоположение, издадена от канцлера и велик хетман на короната Ян Замойски. През1589 г. градът става столица на основаното от собственика му Замойско владение.

XVII век е времето на най-голям и най-бърз разцвет на града. Тук се заселват не само поляци, но и много други националности. Налага се обаче градът да се справя с множество нашествия като това на казаците под командването на Богдан Хмелницки през 1648 г. и шведския потоп през 1656 г., по време на които обаче градът остава непревземаем. Едва по време на Великата северна война Замошч е завзет от шведските и саски войски.

В средата на XVIII в. е реформирана основаната през 1594 г. Замойска академия (в която преподава и Станислав Сташиц), но след първата подялба на Полша (1772 г.) академията е закрита (1784 г.).

През 1809 г. Замошч е присъединен към Варшавското княжество, и след Виенския конгрес към зависимо от Русия Кралство Полша. През 1821 г. правителството купува града и модернизира Замойската крепост, която изиграва важна роля в по време на Ноемврийското въстание и капитулира като последна точка на полската съпротива. През 1866 г. крепостта е унищожена и започва пространствено развитие на града.

В периода на Първата световна война до Замошч е прокарана железопътна линия (1916 г.). След извоюване на независимостта на Полша, през 1918 г. тук започва комунистическа революция, потушена от военни подразделения. Две години по-късно градът е обкръжен от съветската армия и в продължилата три седмици битка през 1920 г. полските и украински войски успяват да спрат всички атаки на болшевиките.

Двадесетте междувоенни години са период на засилен развой за града.

По време на септемврийската кампания, на 9 и 12 септември 1939 немските самолети бомбардират Замошч. Загиват над 250 души, преди всичко цивилни, а огромен брой са ранени. На 13 септември германските войски нахлуват в Замошч[1]. Съгласно Пакт Рибентроп-Молотов, на 25 септември германските войски напускат Замошч и мястото им заема Червената армия.Съгласно договора за дружба и граници съветските войски напускат Замошч на 6 октомври, а от 8 октомври 1939 до юли 1944 градът е в ръцете на хитлеристка Германия. По време на Втората световна война в Ротондата е създаден лагер за унищожение, където загиват над 8 000 души, както и лагер за съветски пленници и временен лагер за изселените жители от областта. Замошч е превзет от съветските войски и действащите заедно с тях войници на Армия Крайова [2] през юли 1944 г.

След войната започва динамично развитие на града, през 1975–1998 Замошч е столица на Замойско воеводство, a от 1999 г. отново става окръжен град в Люблинско войводство.

Кагалът в Замошч е създадена през 1588 г., когато Ян Замойски дава съгласие за заселването на евреи в границите на града. През 1684 г. хартата на Ян Замойски за еврейската общност отново е потвърдена от Марчин Замойски.

В края на XVIII и началото на XIX в. тук силно влияние оказва еврейското просветителско движение – Хаскала. В края на 19 век започва да се разпространява хасидизмът. В Замошч има синагога, два молитвени дома и еврейска болница. През 1827 г. в Замошч живеят 2874 евреи, през 1921 г. – 9383 (49,3% от населението на града).

В Замошч живеят и творят поетът Соломон Етингер (1799–1855) и писателят Ицхок Лейбуш Перец (1852–1915), тук е родена и революционерката Роза Люксембург (1870–1919).

Преди войната се издава списанието Zamoscer Sztyme.

През втората половина на 30. Години в града започва антиеврейска акция, ръководена от Бруно Олбрихт, командир на Трета пехотна дивизия на легионите[3].

В навечерието на войната в Замошч живеят около 12 000 евреи. През пролетта на 1941 г. в Замош е създадено гето. От април до септември 1942 г. около 4 000 души са откарани в лагера на смъртта в Белжец. През октомври 1942 г. на място са разстреляни 500 души, други 4 000 също са откарани в Белжец, като част от тях умират още по пътя.