La diòcesi de Chiapas va ser erigida el 19 de març de 1539, prenent el territori del bisbat de l'Antequera (avui arxidiòcesi). Originàriament era sufragània de l'arquebisbat de Sevilla.

El 12 de febrer de 1546 entrà a formar part de la província eclesiàstica de l'arquebisbat de Mèxic.

El 16 de desembre de 1743 esdevingué sufragània de l'arquebisbat de Guatemala, però en virtut de la butlla Dominico gregi del papa Gregori XVI el 25 d'abril de 1837 va ser restituïda a la jurisdicció metropolitana de l'arquebisbat de Mèxic. El 23 de juny de 1891 entrà a formar part de la província eclesiàstica de l'arxidiòcesi d'Antequera.

El 19 de juny de 1957 cedí part del seu territori a benefici de l'erecció del bisbat de Tapachula.

El 27 d'octubre de 1964 cedí part del seu territori a benefici de l'erecció de la diòcesi de Tuxtla Gutiérrez (avui arxidiòcesi) i contextualment assumí el nom actual.

El 25 de novembre de 2006 entrà a formar part de la província eclesiàstica de l'arquebisbat de Tuxtla Gutiérrez.

El 15 de febrer de 2016 la diòcesi rebé la visita pastoral del Papa Francesc.