Al territori de Chiapas es van assentar pobles de cultures avançades des de fa 3 mil·lennis, dels quals els més nombrosos serien els maies. L'entitat com la coneixem en l'actualitat es va configurar al segle xviii dins l'ordre colonial espanyol amb la creació de l'Audiència Reial de Chiapas, que pertanyia a la Capitania General de Guatemala, que era alhora dependent del virregnat de la Nova Espanya. Després de la independència de la Nova Espanya, la Capitania General de Guatemala (que abastava tota l'Amèrica central, llevat de Panamà) va formar part de l'Imperi mexicà. Amb la dissolució d'aquest i l'establiment del sistema republicà, la Capitania va decidir separar-se'n. La població de Chiapas, però, va decidir per referèndum romandre com a part de Mèxic, integrant-se com un estat més dels Estats Units Mexicans. L'estat es va annexar oficialment a Mèxic el 14 de setembre, 1824. El 1840 Chiapas va annexar una regió dels Altos de Guatemala, i el 1842 el Soconusco, ambdues regions de Guatemala.

La Revolució mexicana va trobar una forta resistència a Chiapas. Els terratinents es van unir per protegir el sistema de les hisendes i privilegis de les poques famílies dominants en detriment dels pobles indígenes. Les tropes del constitucionalista Venustiano Carranza van ser repel·lides per l'exèrcit dels latifundistes, conegut com l'exèrcit mapache. En finalitzar la revolució, l'exèrcit constitucionalista va signar un pacte amb els latifundistes i les reformes revolucionàries, al començament, van tenir un impacte molt menor a Chiapas, la qual cosa va repercutir en el desenvolupament econòmic i social de l'estat; Chiapas no va gaudir de les reformes que van permetre el desenvolupament de les comunitats indígenes i de les minories com a la resta del país. Algunes comunitats, el 1994, es van unir a l'aixecament armat de l'Exèrcit Zapatista d'Alliberament Nacional, encara que d'altres han preferit no involucrar-se amb el moviment.