Segons els estudis històrics més fiables, es troba sobre Satícula, una ciutat samnita a la frontera de Campània, esmentada al 343 ae, on el cònsol Corneli acampà durant la Primera Guerra samnita, ja que s'arriscava a perdre l'exèrcit i se salvà gràcies a l'habilitat de Deci. Al 315 ae, durant la Segona Guerra samnita, Satícula fou assetjada pel dictador Lucius Emilius i fou presa per Fabi. El 313 va haver-hi una colònia i durant la Segona Guerra Púnica es va mantenir fidel a Roma. Menys establerta és una teoria que la identifica amb l'altra ciutat de Sant'Agata samnita de Plístia.

El nom actual, Sant'Agata de 'Goti, es remunta a un segle més tard, al segle vi: quan els gots foren derrotats en el 553 en la batalla del Vesubi, se'ls va permetre romandre en les seues fortaleses com a súbdits de l'imperi: així, una colònia se'n va establir ací. La ciutat va ser presa pels llombards i esdevingué part del Ducat de Benevent; al 866, es va convertir en aliada dels romans d'Orient, i fou assetjada i presa per l'emperador Lluís II; al segle x era un bisbat. El 1038 s'hi refugià Pandolf IV de Càpua, juntament amb el bisbe Basili de Monte Cassino, per escapar de Conrad II: amb l'ajuda dels romans d'Orient la van defensar durant nou anys. El 1066 els normands la prengueren en possessió. El 1230 es concedeix al papa Gregori IX; a la primeria del segle xiv a Bartomeu Siginulf. Després al comte de Caserta, que la ven al provençal Isnard de Ponteves; el 1343 passa al poder de Charles Artus, fill del rei Robert i la seua esposa Andreana Acciaiuoli.

El 1400 pertanyia a Della Ratta, el 1528 a Acquaviva. Més tard, al Cossus fins a 1674; la comprà al 1696 Marzio Carafa, duc de Maddaloni, en la família del qual va romandre fins a l'abolició del feudalisme. La diòcesi de Sant'Agata de 'Goti, de l'arxidiòcesi de Benevent, es remunta a temps molt antics. El 960 el bisbat s'hi restaura amb el nomenament com a bisbe de Madelfrid. Entre els bisbes que van seure al tron de santa Àgata són particularment memorables Felice Peretti (1566-1572), després conegut com a papa Sixt V, i Alfons Maria de Liguori (1762-1775), doctor de l'Església i fundador de la Congregació del Santíssim Redemptor.

Hi ha moltes restes de l'època romana, com ara: làpides, inscripcions, columnes... Els cementeris excavats a la fi del segle xviii a la ciutat i a Sant Peter Presta, a prop d'allí, han tret a la llum bronzes i gerros amb figures roges saticulani de llum sobre fons negre, que es conserven al Museu Arqueològic Nacional de Nàpols, a Benevent i en alguns museus europeus.

Altres troballes importants com gerros de Mescla, pitxers arcaics geomètrics, tests, alguns gerros de Campània, Pulla i Lucània, objectes de bronze i làmpades romanes, es troben en residències privades.