Ganden (voller Name: „Ganden Nampar Gyelwe Ling Gönpa“, tib.: dga' ldan rnam par rgyal ba'i gling dgon pa; „Kloster (genannt) Garten vollkommenen, siegreichen Glückes“) wurde 1409 von Tsongkhapa (tib.: tsong kha pa) gegründet; es galt als traditioneller Hauptsitz der Gelug-Schule und der Äbte von Ganden.

Der Legende nach wurde die Gründung von Ganden von Buddha Shakyamuni prophezeit. Tsongkhapa soll in einem früheren Leben von Buddha ein Muschelhorn erhalten haben, das Maudgalyayana in Tibet vergrub. 1409 begründete Tsongkhapa das Große Gebetsfest „Mönlam chenmo“ (tib.: smon lam chen mo) im Jokhang-Tempel von Lhasa. Seine Schüler schlugen vor, ein Kloster zu bauen; er suchte den Berg Drog Riboche als Ort aus, weihte das Kloster ein und nannte es Ganden (Sanskrit: Tushita), nach dem Reinen Land des Buddhas der Zukunft, Maitreya. Der Haupttempel und über siebzig weitere Gebäude sollen noch im selben Jahr fertiggestellt worden sein, und im darauf folgenden Jahr soll Tsongkhapa auf einem Hügel hinter dem Kloster das Muschelhorn gefunden haben, womit sich die Prophezeiung über Ganden erfüllte.

Im Jahr 1416 gab Tsongkhapa das Muschelhorn seinem Schüler Jamyang Chöje Trashi Pelden (tib.: 'jam dbyangs chos rje bkra shis dpal ldan; 1379–1449), der darauf in diesem Jahr das Kloster Drepung gründete. Seitdem wird das Muschelhorn in Drepung aufbewahrt. Ein weiterer Schüler Tsongkhapas, Chamchen Chöje Shakya Yeshe (tib.: byams chen chos rje shakya ye shes; 1354–1435) gründete 1419, als Tsongkhapa starb, das dritte der drei großen Klöster, nämlich Sera.

Tsongkhapa hielt sich oft in Ganden auf; er starb in diesem Kloster am 25. Tag des 10. Mondmonats im Jahr 1419. Sein Körper wurde einbalsamiert und war eine der wichtigsten Reliquien des Klosters. Bei der Zerstörung des Klosters während der Kulturrevolution soll der Körper nicht zerstört worden, sondern an einen bis heute geheim gehaltenen Ort gebracht worden sein. Der 25. Tag des 10. Mondmonats war auch der Tag der Geburt des Meisters im Jahr 1357. So wie in Buddha Schakyamunis Leben der Tag seiner Geburt und der Tag seines Parinirvana auf den gleichen Tag des Jahres (gemäß Mondkalender) fallen, war dies auch bei Meister Tsongkhapa der Fall.

Die Errichtung des Haupttempels von Ganden gilt als vierte große Tat seines Lebens. Ganden ist bis heute der Hauptsitz der Gelug-Schule, die ursprünglich Ganden-Schule (tib.: dga' ldan lugs) genannt wurde. Der erste Abt von Ganden (Ganden Thripa) war Gyeltshab Je Darma Rinchen (tib.: rgyal tshab rje dar ma rin chen; 1364–1432), dem Tsongkhapa vor seinem Tod seinen Mantel und Stab überreichte. Auf ihn folgte Khedrub Je (tib.: mkhas grub rje dge legs dpal bzang; 1385–1438). Seit dem 8. Abt wechselt die Stelle zwischen Mönchen der beiden Hauptklosterabteilungen, der Chang Dratshang und der Shar Dratshang.

Im Jahr 1959 lebten in Ganden ca. 7.500 Mönche. Das Kloster wurde während der chinesischen Kulturrevolution weitgehend zerstört. Seit den 1980er Jahren wurde ein großer Teil wieder aufgebaut. Die im Kloster vorhandenen unzähligen Kulturdenkmäler aber sind für immer zerstört.

Am 14. März 2006 brachen 17 Mönche in eine Kapelle in Ganden ein und zerstörten Statuen von Dorje Shugden. Der Bürgermeister von Lhasa und andere Politiker warfen dem 14. Dalai Lama daraufhin vor, in dieser Frage einen religiösen Konflikt zu schüren.[1] Auf der anderen Seite werfen Analysten der Volksrepublik China vor, den Konflikt um Dorje Shugden auszunutzen, um den Dalai Lama zu diskreditieren.[2] Thierry Dodin vom Tibet Information Network[3] sagte, dass China die Spaltung unter den Tibetern unterstützt, indem sie Anhänger des Dorje-Shugden-Kults fördern und in hohe Schlüsselpositionen einsetzen.[2]

China says Dalai Lama stirs conflict (International Herald Tribune, 10. Mai 2006);
Mayor blames Dalai Lama for conflict (Memento des Originals vom 28. November 2006 im Internet Archive)   Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/news.xinhuanet.com (Xinhua, 9. Mai 2006);
Tibetan Temple Row Highlights Religious Tensions (Memento des Originals vom 1. Januar 2007 im Internet Archive)   Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.studentsforafreetibet.org (Reuters / Students for a Free Tibet, 10. Mai 2006);
Der 14. März, der neue Parteisekretär der TAR, ein „letzter verzweifelter Kampf“ und „die Köpfe der Mönche und Nonnen“ (Memento des Originals vom 27. September 2007 im Internet Archive)   Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/www.tibet-initiative.de (Tibet-Initiative Deutschland, 31. Mai 2006).