Zwischen den Ortschaften Fuente del Conde und Los Pechos sind Überreste iberischer und römischer Siedlungen nachgewiesen. Die bedeutende römische Siedlung Cerro de la Pia blieb lange unbekannt, obwohl sie nahe am Ort bei dem Weiler Cierzos y Cabreras liegt und eine Ausdehnung von rund 2 km² hat. Die erste urkundliche Erwähnung von Iznájar geht auf die zweite Hälfte des 9. Jahrhunderts zurück, als der Ort sich einer Rebellion unter Umar ibn Hafsun anschloss.

Von den Kämpfen während der Reconquista unter Ferdinand III. († 1252) blieb der Ort verschont. Bis in die zweite Hälfte des 15. Jahrhunderts blieb er unter der Herrschaft des Nasridenreichs von Granada und wurde erst unter Johann II. († 1454) für die Christen erobert. Im Jahr 1468 erhielt Diego Fernández de Córdoba, 1. Graf von Cabra, für seine Dienste von König Heinrich IV. die Gerichtsbarkeit und die Herrschaft über den Ort Stadt mit dem Titel Visconte de Iznájar. Dieser Adelstitel blieb bis in die heutige Zeit erhalten.