Wie bei anderen exponierten Befestigungen wird die Idee bemüht, dass an der Stelle des heutigen Munots einst die Römer einen Wachturm als Bestandteil ihrer Grenzbefestigung entlang des Rheins errichtet haben sollen. Belegt ist auf jeden Fall, dass ab 1098 eine Befestigung an dieser Stelle, der «Annot» oder «Unot» (mhd. für «ohne Not») stand, welcher anfänglich im Besitz eines Adeligen (vermutlich eines Vogtes) war. 1561 wurde der alte Zwingolf, die vorgelagerte Wehrplattform, geschleift.

 Dürers Idealplan einer Bastei für die Festung Klausen aus: Etliche vnderricht, zu befestigung der Stett, Schloß vnd Flecken, bei Hieronymus Andreae, Nürnberg 1527

Die heutige Anlage wurde zwischen 1536 und 1546 unter dem Stadtbaumeister Heinrich Schwarz (1526–1593) wohl nach Kenntnis Albrecht Dürers Werk einer Rondellbefestigung, teilweise auch in Fronarbeit, erbaut und stellt mit ihrem Bergfried eines der wenigen Beispiele des Überganges von einer Burg zu einer modernen Festung dar. Der Munot war Teil der Stadtbefestigung. Der Bau kostete die Stadt 47'528 Gulden, was den Baukosten von etwa 800 Stadthäusern entsprach.

1646 wurde im Verlauf des Dreissigjährigen Krieges erwogen, Schanzen und ein Vorwerk zu errichten. Johann Georg Werdmüller zeichnete einen Plan, die errechneten Kosten von 165'627 Gulden konnten dann aber doch eingespart werden, da 1648 in Münster der Westfälische Friede abgeschlossen wurde.

Belagerung 1799

Am 1. Oktober 1798 wurden die Stadt und der Munot von den Franzosen besetzt, nachdem bereits am 15. Juni Balthasar Alexis Henri Antoine von Schauenburg und Jean-Jacques Rapinat in der Stadt erschienen waren. Am 15. November 1798 erschien André Masséna und forderte Quartiere für die nach der Schlacht bei Ostrach und der Schlacht bei Stockach verwundeten Franzosen in der Stadt. General Jean-Baptiste Jourdan liess ein Munitionsdepot anlegen, der Munot wurde mit Geschützen versehen.

Am 13. April 1799 positionierten General Maximilian Baillet von Latour und Major Michael von Kienmayer 6000 Mann bei Herblingen und Büsingen. Die Geschütze postierte man bei Buchthalen auf der Windegg. Nachdem die Aufforderung zur Übergabe von Stadt und Festung unbeantwortet geblieben war, wurde gegen 3 Uhr nachmittags mit der Beschiessung begonnen. Die Besatzung des Munot erwiderte das Feuer, doch nach der Erstürmung der Stadt gegen 5 Uhr abends warf sie die Geschütze in den Graben, wo sie die Österreicher in Besitz nahmen. Um eine Verfolgung unmöglich zu machen, setzten die Franzosen die Grubenmann-Brücke in Brand.

Instandsetzung

Nach dem Ende der einzigen Belagerung der Festung hatte sie durch die Beschiessung grosse Schäden erlitten und verlor jede militärische Bedeutung. 1804 genehmigte der Stadtrat die Abnahme der Sandsteinplatten von der Zinne. Regenwasser drang in die Gewölbe ein. Die Mauern dienten als Steinbruch für die wachsende Stadt Schaffhausen.

Ab 1826 setzte sich Johann Jakob Beck, Zeichenlehrer an der Kantonsschule, für den Erhalt des Munots ein. Bis 1839 wurde der Munot auf seine Initiative hin restauriert und vor dem Einsturz bewahrt. Am 30. Oktober 1839 wurde der renovierte Munot mit einem grossen Fest, der Munotfeier, wieder eingeweiht. An diesem Tag wurde auch der Munotverein gegründet. Sein erster Präsident und «Munotvater» wurde Johann Jakob Beck.