Die Grafen von Comburg-Rothenburg errichteten westlich neben dem heutigen Spitalhof auf einem Bergsporn mit dem Namen Essigkrug eine inzwischen abgegangene Burg (die Comburg liegt bei Schwäbisch Hall; die dortigen Grafen waren im 11. und frühen 12. Jahrhundert sehr einflussreich). Die erste Erwähnung eines Grafen von Rothenburg findet im 11. Jahrhundert statt. Ältere Überlieferungen sind sagenhaft und falsch. Graf Heinrich von Rothenburg, das letzte Mitglied dieser im Jahre 1116[1] ausgestorbenen Adelsfamilie, vermachte die Burg dem von seiner Familie gegründeten Kloster Comburg.

König Konrad III. erwarb 1142 von den Neumünster-Kanonikern in Würzburg die Ortschaft Detwang, zu welcher der nordwestlich der heutigen Stadt gelegene Bergsporn gehörte,[2][3] und errichtete auf der Fläche des heutigen Burggartens die Burg Rothenburg. Für 1150 ist ein Aufenthalt Konrads in Rothenburg nachgewiesen.[4] Neben dieser Burg oberhalb der Tauber entstand eine Siedlung, aus deren geographischer Lage sich der Namenszusatz ob der Tauber ableitet. Die Burg wurde möglicherweise durch ein Erdbeben um 1356 zerstört oder zumindest beschädigt. In der historischen Forschung herrscht diesbezüglich keine Einigkeit.

Ende des 12. Jahrhunderts entwickelte sich aus der Siedlung neben der Burg langsam eine Stadt. Im Jahr 1172 erhielt sie Stadtrechte von Kaiser Friedrich I. Barbarossa. Er schuf mit weiteren Stadtgründungen wie Dinkelsbühl an der Ostgrenze seines Herzogtums Schwaben eine von Nord nach Süd reichende Städtereihe, welche das Herzogtum gegen das Eindringen von Feinden absicherte. Sofort nach der Stadterhebung begann der Bau der ersten Stadtmauer. Von diesem ersten Befestigungsring sind noch zwei Türme erhalten und zwar der Markusturm mit dem Röderbogen und der Weiße Turm etwas weiter nördlich. Rothenburg hatte schon einen Marktplatz, eine Kirche, ein Dominikanerinnen- und ein Franziskanerkloster. Bereits im Jahr 1204 wurde eine Stadterweiterung notwendig und die Bürger begannen mit dem Bau eines neuen Befestigungsringes, der bis heute existiert. Es entstanden unter anderem das Kobolzeller Tor, der Siebersturm, das Rödertor mit dem Röderturm und das Würzburger Tor. Die bebaubare Fläche vergrößerte sich um das Dreifache. Der Umfang der Wehrmauer verlängerte sich von 1.400 auf 2.400 Meter.[5] Am Anfang des 14. Jahrhunderts wurde auch noch das Spitalsviertel im Süden in das Stadtgebiet einbezogen. Der Umfang der Stadtmauer wuchs dadurch von 2.400 auf 3.360 Meter[6].

Ministerialen und ehemalige Burgmannen der Stauferburg bildeten das Patriziat. Nur diese Gruppe war ursprünglich ratsfähig. Sie hatten ihre Häuser in der inneren Stadt in der Nähe des Marktplatzes, zum Beispiel in der Herrengasse. Handwerker lebten vor allem in den äußeren Stadtbezirken jenseits der ersten Stadtmauer[7].

Seit dem 13. Jahrhundert hatte der Deutsche Orden eine Niederlassung, die Kommende Rothenburg.[8] An der Stelle der heutigen Jakobskirche stand bereits im 13. Jahrhundert eine kleinere Kirche.

Die Erhebung von Rothenburg zur Freien Reichsstadt erfolgte am 15. Mai 1274 durch König Rudolf von Habsburg.

Im Hochmittelalter wurde Rothenburg zu einer bedeutenden Handelsstadt. Seine Kaufleute waren unter anderem in Italien und Prag aktiv. Außerdem setzte eine große Wallfahrt zur Heiligblut-Reliquie ein. Mit 5.000 bis 6.000 Einwohnern war Rothenburg eine der größeren Städte im Heiligen Römischen Reich deutscher Nation. Davon waren etwa 10 %, also 500 Menschen, Juden (siehe unten).

Die Blüte der Stadt im 15. Jahrhundert ermöglichte die Errichtung größerer Bauwerke. Die St. Jakobskirche ist die größte Kirche Rothenburgs. Die gotische Basilika entstand zwischen 1311 und 1484. Zunächst war der Deutsche Orden Auftraggeber des Baues, aber im Laufe der Zeit wurde er vor allem von den Bürgern der Stadt finanziert. Der ältere Teil des Rathauses stammt aus dem 13. Jahrhundert. Der 1505 abgebrannte vordere Teil war etwas jünger, wurde aber ebenfalls noch im Stil der Gotik errichtet. An seiner Stelle entstand zwischen 1572 und 1578 ein Trakt im Stil der Renaissance, der bis heute existiert.

Prominenteste Figur des Mittelalters war Heinrich Toppler (ca. 1340–1408), der – natürlich im Zusammenspiel mit seinen Kollegen aus dem städtischen Patriziat – mit seiner energischen Politik und seinen Landkäufen das Schicksal der Stadt weit über seinen umstrittenen Tod hinaus beeinflusst hat. Es wurde ein Städtebund mit Ulm, Nördlingen und Dinkelsbühl geschlossen. Toppler wurde 1408 offenbar nach einer Intrige hingerichtet.

Im 15. Jahrhundert war Rothenburg in zahlreiche Fehden mit umliegenden Rittern und anderen Städten verwickelt. Das Stadtarchiv verwahrt noch über 300 Fehdebriefe[9]. In den Jahren 1406 und 1408 erfolgten Angriffe durch Neustädter.[10] Erst im Jahr 1450 konnten nach langen Verhandlungen diese Fehden beigelegt werden.

Im Jahr 1455 kam es zu einem Aufstand der Handwerker. Die Ratsherren wurden für einige Zeit in das Rathausverlies geworfen und es wurden 12 Zünfte gebildet, die nun ebenfalls im Rat vertreten waren. Das Patriziat konnte jedoch nach einigen Jahren seinen verlorenen Einfluss wiedergewinnen[11].

Im Jahre 1474 logierte der König von Dänemark, Norwegen und Schweden Christian I. eine Woche lang in einem Gasthaus am Markt (heute: Ratsstube[12]).

Die jüdische Gemeinde Rothenburgs gehörte zu den damals in den deutschen Städten üblichen, keineswegs zu den ältesten in Deutschland, da Rothenburg eine eher jüngere, höchstens mittelalte Stadt war. Aus ihr ging der Rabbi Meir von Rothenburg (um 1220–1293) hervor. Während des Rintfleisch-Pogroms von 1298 wurde nahezu die ganze Gemeinde, ca. 450 Menschen, ermordet. Bald schon siedelten sich wieder Juden in der Stadt an. Die neu entstandene Gemeinde fiel im Pestjahr 1349 erneut einem Pogrom zum Opfer.[13] Danach siedelten sich wieder Juden in Rothenburg an. Im Jahre 1520 erwirkte der Stadtprediger Johannes Teuschlein ihre endgültige Vertreibung. Das Vermögen der Gemeinde wurde eingezogen. Die Synagoge auf dem Kapellenplatz wurde umgewandelt in eine Kapelle „zur Reinen Maria“, die Anfang des 19. Jahrhunderts abgebrochen wurde. Erst im 19. Jahrhundert konnten sich abermals Juden in Rothenburg ansiedeln.[14]

Um 1400 entstand am heutigen Brudergäßchen ein kleines Terziarenkloster. Das Kloster bestand bis 1541 und wurde 1579 abgebrochen. Von 1500 bis 1806 lag die Stadt im Fränkischen Reichskreis.

Bereits 1522 gab es einige Anhänger der Reformation in der Bürgerschaft und im Rat. In den Jahren 1524 und 25 wirkte der Reformator Andreas Bodenstein genannt Karlstadt in der Stadt. Während des Großen Deutschen Bauernkrieges 1525 verbündete sich Rothenburg mit den rebellierenden Bauern unter Florian Geyer. Nach dem Sieg über die Bauern hielt Markgraf Kasimir von Brandenburg-Kulmbach auf dem Marktplatz von Rothenburg ein Blutgericht ab und ließ 17 Anführer öffentlich enthaupten. Die Stadt musste zudem eine hohe Kriegskontribution zahlen. Die Heilige Messe wurde wieder eingeführt. Der Katholische Glaube triumphierte für einige Zeit erneut[15].

Der Rat beschloss 1544, in Rothenburg die Reformation erneut einzuführen und holte Thomas Venatorius als Prediger in die Stadt, der am 23. März 1544 die erste evangelische Predigt in Rothenburg las.[16] Der Deutsche und der Johanniterorden blieben katholisch, ihre Kirchen St. Jakob und St. Johannis mussten sie abgeben. Bürgermeister und Rat zu Rothenburg auf der Tauber unterzeichneten 1579 die lutherische Konkordienformel von 1577.[17]

Der Dreißigjährige Krieg stellte für Rothenburg von Beginn an ein Problem dar. Als evangelische Reichsstadt war sie dem katholischen Kaiser Ferdinand II. zur Treue verpflichtet, auf der anderen Seite sympathisierte sie mit der evangelischen Seite. König Gustav Adolf von Schweden schlug im September 1631 in der Schlacht bei Breitenfeld die kaiserlichen Truppen, drängte weiter nach Süden und besetzte Mitte Oktober Würzburg. Der katholische Feldherr General Graf von Tilly versuchte, in Franken eine neue Verteidigungslinie aufzubauen. So geriet das militärisch und politisch eigentlich unbedeutende Rothenburg zwischen die Fronten.

Anfang Oktober 1631 befanden sich 800 Mann der kaiserlichen Truppen in der Stadt. Am 7. Oktober wurde in der Nähe Rothenburgs ein kaiserlicher Truppenverband des Kriegskommissars Alessandro Massoni von schwedischen Truppen vernichtend geschlagen. Am 8. Oktober ergab sich die kaiserliche Besatzung Rothenburgs den schwedischen Truppen ohne Belagerung der Stadt. Teile der kaiserlichen Truppen meuterten und schlossen sich den Schweden an, der Rest durfte frei abziehen. Die Schweden besetzten daraufhin Rothenburg. Zwei Wochen später erreichte Tilly mit der Hauptmacht des kaiserlichen Heeres die Gegend. Am 27. Oktober wurde der Rat Rothenburgs von der kaiserlichen Armee aufgefordert Übergabeverhandlungen einzuleiten. Da er sich weigerte, schlossen am 29. Oktober die kaiserlichen Truppen einen Belagerungsring um die Stadt. Die Bürger bereiteten sich darauf vor, die Stadt zusammen mit der schwedischen Besatzung zu verteidigen; wahrscheinlich bestand die Hoffnung auf Entsatz durch die Schweden von Würzburg aus. Am 30. Oktober begann der Beschuss der Stadt, insbesondere von Norden zwischen Klingen- und Galgentor. Die Verteidiger brachten den Angreifern schwere Verluste bei (etwa 300 Mann), aber als in der Klingentorbastei gelagertes Schwarzpulver eine Explosion verursachte, stellte die schwedische Besatzung den Kampf ein. Die Schweden durften nach kurzer Verhandlung abziehen.

Wahrscheinlich in der Nacht von 30. zum 31. Oktober wurde die Stadt zur Plünderung freigegeben. Der Stadtrat wurde festgehalten und mit dem Tode bedroht. Es gelang ihm aber wohl zu beweisen, dass die Stadt keinen Anteil an der Vernichtung der Truppen des Kriegskommissars Massoni und der Meuterei der ursprünglichen kaiserlichen Besatzung hatte. Wahrscheinlich hatte sich die Stadtbevölkerung auf dem Marktplatz versammelt und um Gnade gebeten.[18] Es ist anzunehmen, dass Tilly die Stadt verschonte, da er nicht wollte, dass sich die Geschehnisse von Magdeburg, bei denen seine Truppen wenige Monate zuvor die Bevölkerung massakriert und die Stadt niedergebrannt hatten, wiederholten. Die Bluttat von Magdeburg erklärt aber auch die Angst, die die damaligen Rothenburger beim Nahen der Tillyschen Armee empfunden haben müssen.

Nach einer erst um 1770 entstandenen Legende[19] soll der damalige Alt-Bürgermeister Georg Nusch auf Befehl General Tillys 3 ¼ Liter Wein auf einen Zug geleert und damit die Stadt vor der Zerstörung bewahrt haben. Aus diesem (angeblichen) Anlass findet seit 1881 jährlich das Festspiel Der Meistertrunk statt. Historiker sind sich sicher, dass es einen solchen „Meistertrunk“ nicht gegeben hat. Der Rothenburgische Chronist und Augenzeuge Sebastian Dehner beschrieb die Geschehnisse der Belagerung und Einnahme ohne den „Meistertrunk“.[20]

Die Plünderungen wurden schließlich eingestellt, die Stadt musste eine Strafzahlung leisten und die Einquartierung der kaiserlichen Soldaten erdulden. Für die Bevölkerung bedeutete das weitere Übergriffe der Soldaten, Hunger und eingeschleppte Infektionen. Am 13. Januar 1632 verließen die kaiserlichen Truppen die Stadt.[18]

Nach dem Dreißigjährigen Krieg versank die Stadt angeblich in eine Art Dornröschenschlaf. Die Entwicklung soll stillgestanden haben und die Stadt verlor an Bedeutung. Das kann mit ein Grund sein, warum sich die Stadt und ihre alte Bausubstanz in einem dermaßen gut erhaltenen Zustand befindet. Andererseits war Rothenburg in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts und im 18. Jahrhundert eine zwar konservative, aber geistig wie ökonomisch durchaus auf der Höhe der Zeit befindliche Reichsstadt.

Seit dem Reichsdeputationshauptschluss von 1803 ist die Stadt ein Teil des Kurfürstentums Bayern. Auf der Basis des Pariser Vertrags vom 28. Februar 1810 zwischen Frankreich und Bayern, der eine Verständigung über Gebietsarrondierungen zum Gegenstand hatte, kam es zum Grenzvertrag zwischen dem Königreich Bayern und dem Königreich Württemberg vom 18. Mai 1810, in dem der Westteil des Stadtgebiets damals an Württemberg verloren ging.

Mit dem Gemeindeedikt (frühes 19. Jahrhundert) wurde das Königliche Stadtkommissariat Rothenburg gebildet. Zur unmittelbaren Munizipalgemeinde gehörten die Orte Bloshaus, Bronnenmühle, Detwang, Dürrenhof, Fuchsmühle, Gypsmühle, Haltenmühle, Hammerschmiede, Hansrödermühle, Herrenmühle, Hirtenhaus, Hohbach, Kaiserstuhl, Langenmühle, Ludlesmühle, Lukasrödermühle, Obere Walkmühle, Papiermühle, Pulvermühle, Rothe Farb, Sankt Leonhard, Schandhof, Schandtauberthal, Schlößlein, Schmelzmühle, Schwabenmühle, Schwarzenmühle, Siechenmühle, Stegmühle, Steinbach, Steinmühle, Untere Walkmühle, Weißenmühle, Wildbad und Zellergut.[21][22] Die Gemeinde hatte eine Gebietsfläche von 20,967 km².[23]

Im Jahre 1870 besuchte der damals 19-jährige Landschaftsmaler Gustav Schönleber[24] Rothenburg, es folgte 1877 Eugen Bracht, der sichtlich beeindruckt war,[25] ab den 1880er Jahren folgten weitere Maler insbesondere der Spätromantik, darunter Hans Thoma und Carl Spitzweg. Bald wurde die Stadt zu einem Ziel des Fremdenverkehrs. 1884 wurde erstmals außerhalb der Stadtmauer gebaut.[26] Bereits um die Jahrhundertwende wurde Rothenburg dann ein beliebtes Tourismusziel für Engländer und Franzosen. Noch vor dem Ersten Weltkrieg trafen Ausflugsbusse mit gehobener Gesellschaft ein, die im Hotel „Eisenhut“ residierte, das noch existiert.

In der Weimarer Republik entwickelten sich Stadt und Wahlbezirk Rothenburg zu einer Hochburg der DNVP, die mehrfach Stimmenanteile von ca. 80 % erreichen konnte, und später der NSDAP, die bei den Wahlen am 5. März 1933 dort 83 Prozent der Stimmen auf sich vereinigte.[27] Noch im selben Jahr kam es in Rothenburg zu antisemitischen Übergriffen. Im Oktober 1938, kurz vor der Reichspogromnacht, wurden die letzten 17 verbliebenen Juden vom NSDAP-Kreisleiter Steinacker aus der Stadt gewiesen, SA-Leute und Hitlerjungen führten die Vertreibung aus. Am 22. Oktober wurde das Inventar der Synagoge in der Herrngasse 21 geplündert und zerstört. In Rothenburg fand ein „Freudenfest“ anlässlich der „Befreiung von den Juden“ statt.[28]

Kurz vor Ende des Zweiten Weltkriegs wurden am 31. März 1945 etwa 38 % der Bausubstanz der neueren östlichen Altstadt Rothenburgs durch den Angriff einer Staffel der 386. Bombardement Group der US-Luftwaffe beschädigt oder zerstört,[29] 39 Personen kamen dabei ums Leben.[30] Der Bombenangriff galt einem Öllager im oberfränkischen Ebrach, das aber wegen Vernebelung nicht angegriffen werden konnte, so dass Rothenburg – obwohl ohne militärische Bedeutung – als Ersatzziel angegriffen wurde. Die Zerstörung betraf hauptsächlich den neueren Ostteil der Altstadt, sodass die bedeutendsten Baudenkmäler erhalten blieben. Nach dem Krieg wurden die Gebäude originalgetreu wiederaufgebaut bzw. saniert. Da Brandbomben verwendet wurden, blieben die Außenmauern meist stehen und bildeten die Basis der Neubauten. Die später befragten Piloten sagten aus, sie hätten nicht geahnt, welche Kulturstadt sie bombardierten. Nach Kriegsende beteiligten sich die Amerikaner mit Spenden am Wiederaufbau, wie die Spendertafeln am Wehrgang noch belegen.

Am 17. April 1945 ging der Krieg für Rothenburg zu Ende, während andernorts noch drei Wochen lang weitergekämpft wurde.[31] Der damalige US-Hochkommissar für Deutschland, John McCloy, erklärte 1950 schriftlich, er habe einen auf Rothenburg geplanten Artillerieangriff durch seine Intervention beim zuständigen General Devers verhindert. Dafür bekam er später von der Stadt die Ehrenbürgerwürde verliehen. McCloy kannte Rothenburg nur aus Erzählungen seiner Mutter, die die Stadt vor dem Krieg besucht hatte und von dem mittelalterlichen Ort schwärmte.

Bereits in der Nachkriegszeit war Rothenburg eine wichtige Tourismusdestination in Deutschland. Hierzu trug auch die 1950 gegründete Romantische Straße bei, die unter anderem durch Rothenburg führt. Die Stadt wurde im Verlauf der Jahre immer häufiger von US-Amerikanern, aber zunehmend auch von Japanern und Chinesen aufgesucht.

Bis ins Jahr 1972 war die Stadt kreisfrei und Sitz des gleichnamigen Landkreises, weshalb sie das eigene Kfz-Kennzeichen ROT führte. Mit der bayerischen Gebietsreform wurden Stadt und Landkreis mit Wirkung zum 1. Januar 1972 dem Landkreis Ansbach eingegliedert. Die Stadt behielt allerdings den Status einer Großen Kreisstadt. Sie ist die kleinste Große Kreisstadt in Bayern. Seit dem 10. Juli 2013 ist das Kennzeichen ROT wieder für Kfz-Zulassungen verfügbar.

Zusammen mit den Städten Dinkelsbühl und Nördlingen war von 1984 bis 1993 die Stadt Rothenburg ob der Tauber als Kandidatin für die Erhebung zum Weltkulturerbe auf der Tentativliste der UNESCO platziert.

Da die Hälfte der Touristen in Rothenburg ob der Tauber vor der Covid-19-Pandemie aus dem Ausland stammte, kämpfen viele Einzelhandelsgeschäfte in der Stadt ums Überleben.[32]

Im Zuge der Gebietsreform in Bayern wurde am 1. Juli 1972 die Gemeinde Leuzenbronn[33] und am 1. Mai 1978 die Gemeinde Bettenfeld eingegliedert.[34]

Im Zeitraum 1988 bis 2018 stieg die Einwohnerzahl von 11.071 auf 11.243 um 172 Einwohner bzw. um 1,6 %.