Κατά τον 19ο αιώνα κατά τις προσπάθειες εκμοντερνισμού της Οθωμανικής αυτοκρατορίας, πάρθηκε η απόφαση από τον σουλτάνο Αμπντούλ Αζίζ να δημιουργηθεί ένα κεντρικό μουσείο κατά τα πρότυπα των μεγάλων μουσείων της Ευρώπης όπως το Λούβρο[1][2] και το Βρετανικό μουσείο[2]. Ως τοποθεσία του μουσείου επιλέχθηκαν οι εξωτερικοί κήποι του παλατιού του Τοπκαπί, η κατασκευή του κυρίως κτηρίου ξεκίνησε το 1881 και το μουσείο λειτούργησε για πρώτη φορά το 1891, ενώ οι εργασίες στα διάφορα κτήρια συνεχίστηκαν ως το 1908. Με την νομοθέτηση προστασίας των αρχαιοτήτων στην Οθωμανική αυτοκρατορία, πολλές περιοχές έστειλαν τις αρχαιότητες τους στο μουσείο, και τα εκθέματα του πληθύνθηκαν. Η πρόσοψη του κυρίως κτηρίου εμπνεύστηκε από την Σαρκοφάγο του Αλεξάνδρου και την Σαρκοφάγο των Θρηνούντων Γυναικών, εκθέματα τα οποία βρίσκονται εντός του μουσείου. Το κτήριο αποτελεί ένα από τα εξέχοντα παραδείγματα της νεοκλασικής αρχιτεκτονικής στην Κωνσταντινούπολη.

Το μουσείο της αρχαίας Ανατολής ξεκίνησε αρχικά το 1883 ως σχολή καλών τεχνών, ώσπου το 1935 άρχισε να λειτουργεί ως μουσείο. Υπήρξε κλειστό κατά την περίοδο 1963 - 1974 όταν και έγιναν εκτεταμένες ανακαινίσεις.

Το κτήριο με την ονομασία Τσινιλί Κιοσκ ανεγέρθηκε κατόπιν παραγγελίας του σουλτάνου Μωάμεθ Β´ το 1472, και είναι ένα από τα παλαιότερα Οθωμανικά κτήρια της πόλης. Κατά την περίοδο 1874 έως 1891 λειτούργησε προσωρινά ως το κεντρικό μουσείο της πόλης, και το 1953 ξεκίνησε τη λειτουργία του ως μουσείο ισλαμικής τέχνης, και αργότερα ενσωματώθηκε στο αρχαιολογικό μουσείο.

Τα μουσεία είναι ανοικτά για το κοινό καθημερινά.[3]