Βυζαντινή περίοδος

Η εκκλησία είναι κτίσμα του Ιουστινιανού. Σύμφωνα με μεταγενέστερο μύθο, κατά την βασιλεία του θείου του, Ιουστίνου Α΄, ο Ιουστινιανός κατηγορήθηκε ότι συνωμοτούσε εναντίον του θρόνου και καταδικάστηκε σε θάνατο, ο οποίος αποφεύχθηκε όταν οι Άγιοι Σέργιος και Βάκχος εμφανίστηκαν ενώπιον του Ιουστίνου και βεβαίωσαν για την αθωότητα του Ιουστινιανού. Έτσι ελευθερώθηκε και αποκαταστάθηκε στον τίτλο του Καίσαρα, οπότε με ευγνωμοσύνη ορκίστηκε ότι θα αφιέρωνε μια εκκλησία στους αγίους όταν θα γινόταν αυτοκράτορας. Η κατασκευή αυτής της εκκλησίας των Αγίων Σεργίου και Βάκχου, μεταξύ 527 και 536 μ.Χ. (λίγο πριν την ανέγερση της Αγίας Σοφίας μεταξύ 532 και 537), ήταν μια από τις πρώτες πράξεις της βασιλείας του[1].

Η νέα εκκλησία βρισκόταν στα σύνορα μεταξύ του Πρώτου και του Τρίτου «Regio» της Πόλης[2] σε μια ακανόνιστη περιοχή ανάμεσα στο παλάτι του Ορμίσδα (οικία του Ιουστινιανού πριν από την ανάρρησή του στο θρόνο) και την Εκκλησία των Αγίου Πέτρου και Παύλου. Οι δύο εκκλησίες μάλιστα μοιράζονταν τον ίδιο νάρθηκα, αίθριο και προπύλαια. Η νέα εκκλησία έγινε το κέντρο του συγκροτήματος, μέρος του οποίου εξακολουθεί να σώζεται σήμερα, προς το νότο του βόρειου τοίχου ενός από τα δύο άλλα κτήρια. Λίγο μετά το κτίσιμο της εκκλησίας, χτίστηκε γύρω της ομώνυμη μονή.

 Άποψη του κτηρίου από βορειοανατολικά

Κατά τα έτη 536 και 537, το παλάτι του Ορμίσδα μετετράπη σε μονή μονοφυσιτών, όπου κατέφευγαν οι υποστηρικτές της αίρεσης, οι οποίοι έρχονταν από τις ανατολικές επαρχίες της Αυτοκρατορίας προκειμένου να αποφύγουν τους διωγμούς και να βρεθούν υπό την προστασία της Αυτοκράτειρας Θεοδώρας[3]. Η αφιέρωση του ναού στους Αγίους Σέργιο και Βάκχο μαρτυρά τις προσπάθειες των Αυτοκρατόρων να συμφιλιωθούν με τους μονοφυσίτες από την Συρία, καθώς οι δύο άγιοι λατρεύονταν ιδιαίτερα εκεί[4].

Το 551, ο Πάπας Βιγίλιος, ερχόμενος στην Κωνσταντινούπολη και φοβούμενος την οργή του Ιουστινιανού, διότι αφόρισε τον πατριάρχη Μηνά, κατέφυγε εν είδει ασύλου στην μονή αυτή, πράγμα που προκάλεσε διαμαρτυρίες[3]. Την εποχή αυτή πάντως ο ναός αναφέρεται ως έδρα του αποκρισαρίου του Πάπα στην Κωνσταντινούπολη[5]. Κατά την περίοδο της Εικονομαχίας, με ηγούμενο τον Ιωάννη Γραμματικό, η μονή έγινε ένα από τα κέντρα των εικονοκλαστών στην Πόλη[6]. Στην μονή χρημάτισε ηγούμενος και ο εικονομάχος πατριάρχης Ιγνάτιος επί της βασιλείας του Μιχαήλ Γ', γιου του Θεόφιλου, τον οποίο ο Κεδρηνός αποκαλεί «δράκοντα εν εκκλησία φωλεύσαντα». Ηγούμενος της μονής αυτής ήταν και ο Μεθόδιος, που πατριάρχευσε κατά την αναστήλωση των εικόνων.

Ο ναός μνημονεύεται στο βίο του Αγίου Θεοφάνη, κλεισμένου «εν τη μονή Ορμίσδου, Σεργίου και Βάκχου, τη παρακειμένη τω παλατίω». Σύμφωνα με τα λεγόμενα του Δουκάγγιου, φαίνεται ότι στην εκκλησία αυτή λειτούργησαν οι πρεσβευτές του Πάπα. Η μονή όμως δεν είχε παραχωρηθεί ποτέ στους Λατίνους, απλά τους επέτρεπαν την λειτουργία. Στον ναό αυτό εκκλησιάζονταν ο βασιλέας μετά πομπής την τρίτη ημέρα της Διακαινησίμου.

 Χαρακτικό του Τεμένους το 1877 - νοτιοδυτική άποψη.Ισλαμική περίοδος 22 Δεκεμβρίου 2010: Ισλαμική προσευχή.

Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453, η εκκλησία παρέμεινε ανέγγιχτη μέχρι την βασιλεία του Βαγιαζήτ Β΄, γιου του κατακτητή. Στη συνέχεια (μεταξύ 1506 και 1513) μετατράπηκε σε τζαμί από κάποιον Αγά ονόματι Χουσεΐν (Hüseyin Ağa), ο οποίος και αποκεφαλίστηκε από τον Σουλτάνο. Εκείνη την εποχή προστέθηκαν στον ναό η στοά και ο μεντρεσές[7].

Το 1740 ο Μεγάλος Βεζύρης Hacı Ahmet Paşa ανακαίνισε το τέμενος και έχτισε και το συντριβάνι. Οι ζημιές που προκλήθηκαν από τους σεισμούς του 1648 και του 1763 αποκαταστάθηκαν το 1831, κατά την βασιλεία του Μαχμούτ Β΄. Το 1762 χτίστηκε ο πρώτος μιναρές, ο οποίος γκρεμίστηκε το 1940 και ξαναχτίστηκε το 1956[7].

Ο ρυθμός αποσύνθεσης του κτιρίου λόγω υγρασίας και σεισμών κατά τη διάρκεια των αιώνων, επιταχύνθηκε μετά την κατασκευή του σιδηροδρόμου. Τμήματα του ναού των Αγίων Πέτρου και Παύλου στα νότια του κτηρίου κατεδαφίστηκαν για να περάσει η σιδηροδρομική γραμμή. Άλλες ζημιές προκλήθηκαν από τη χρήση του κτηρίου ως κατοικία προσφύγων κατά τη διάρκεια των Βαλκανικών Πολέμων[7]. Πολλές από τις θυρίδες έχουν κλειστεί. Λίθοι και τούβλα έχουν πέσει από τους τοίχους, από τους οποίους έχει πέσει και το κονίαμα, ενώ σε άλλα σημεία οι αγιογραφίες είναι καλυμμένες από ασβέστη.

Λόγω των αυξανόμενων απειλών για τη στατική του ακεραιότητα, το κτήριο προστέθηκε πριν από μερικά χρόνια στη λίστα παρακολούθησης απειλούμενων μνημείων της UNESCO. Το Παγκόσμιο Ταμείο Μνημείων το προσέθεσε στον κατάλογο παρακολούθησης των 100 πιο απειλούμενων μνημείων το 2002, το 2004 και το 2006. Μετά από εκτεταμένη αποκατάσταση που διήρκεσε αρκετά χρόνια και τελείωσε τον Σεπτέμβριο του 2006, άνοιξε και πάλι στο κοινό και για λατρεία.