Ներկայումս գոյություն ունեցող տաճարը կառուցվել է 527-529 թվականներին այն տան մոտ, որտեղ Հուստինիանոս Ա կայսրն անցկացրել է իր երիտասարդության տարիները, և եղել է կայսեր իշխանության տարիներին կատարված առաջին նշանակալի գործերից մեկը[1]։ Փոքր Սոֆիան կազմել է միասնական համալիր ավելի վաղ կառուցված Պողոս և Պետրոս սրբերի եկեղեցու հետ, որի գոյության վերջին վկայությունները ոչնչացվել են Ստամբուլի իշխանությունների կողմից 20-րդ դարում։ Փոքր Սոֆիայի՝ կայսերական ընտանիքի կողմից հատուկ սիրված լինելու վկայությունն են բազմաթիվ խոյակների վրա փորագրված Հուստինիանոս Ա-ի և նրա կնոջ՝ Թեոդորայի անունների սկզբնատառերը։

 

Տաճարի ինտերիերը

536 թվականին Թեոդորան եկեղեցական համալիրը հանձնել է մոնոֆիզիտների վանքին, իսկ 551 թվականին այստեղ թաքնվել է Հռոմի պապ Վիգիլիոսից։ Եկեղեցու խճանկարները ոչնչացվել են պատկերամարտության հետևորդների կողմից։ Կոստանդնուպոլսի անկումից հետո եկեղեցին շարունակել է գործել մինչև 1506 թվականը։ Մզկիթի վերածելու ժամանակ փոխվել են պատուհաններն ու մուտքը, բարձրացվել է հատակի մակարդակը, իսկ ներքին պատերը սվաղել են[2]՝ սպիտակեցնելով խճանկարները, կառուցել է նաև նախասրահ և մեդրեսե[3]։

1742 թվականին եկեղեցու բակում կառուցվել է ծիսական շատրվան։ 1762 թվականին կառուցվել է մինարեթը (այն ավերվել է 1940 թվականին և նորից կառուցվել է 1956 թվականին[3]): Սուլթան Մահմուդ II-ի կարգադրությամբ՝ մզկիթը նորոգվել է բազմաթիվ երկրաշարժերից հետո։ Բալկանյան պատերազմների ժամանակ այստեղ ապաստանել են փախստականներ[3]։ Փոքր Սոֆիայի անմիջական հարևանությամբ երկաթգծի կառուցումը լուրջ վնաս է հասցրել համալիրին։ Այդ պատճառով այն ընդգրկվել է ՅՈՒՆԵՍԿՕ-ի Համաշխարհային ժառանգության վտանգված օբյեկտների ցանկում[4]։