Legenda  Plan budynku

Według późniejszej legendy, za panowania cesarza Justyna I, jego siostrzeniec Justynian został oskarżony o spiskowanie przeciwko cesarzowi, a następnie skazany na śmierć. Jednakże we śnie ukazali się cesarzowi dwaj święci: św. Sergiusz i św. Bakchus, zapewniając go o niewinności Justyniana. W rezultacie przyszły cesarz został uwolniony i przywrócony do godności cezara. Z wdzięczności Justynian ślubował, że gdy zostanie cesarzem poświęci tym dwóm świętym kościół.

Budowa  Justynian I Wielki – fundator kościoła. Mozaika z kościoła San Vitale w Rawennie.

Budowa kościoła rozpoczęła się w roku 527 i trwała do roku 536. Decyzja o jego powstaniu była jedną z pierwszych jakie podjął Justynian I[1]. Świątynia ta powstała niewiele wcześniej od słynnego kościoła Mądrości Bożej, który wzniesiono między rokiem 532, a 537. Była ona położona na granicy pierwszej i trzeciej dzielnicy (łac. regio) Konstantynopola[2]. Kościół wybudowano pomiędzy tzw. pałacem Hormizdasa (mieszkał tam Justynian zanim wstąpił na tron), a kościołem świętych: Piotra i Pawła. W owym czasie oba kościoły dzieliły wspólny narteks, atrium i propyleje. Nowy kościół stał się centrum tego kompleksu, którego część dotrwała do naszych czasów, leżąc na południe od północnej ściany jednego z pozostałych dwóch gmachów. Kościół ten był jednym z najważniejszych budynków sakralnych Konstantynopola. Niedługo po jego ukończeniu w jego okolicy powstał klasztor pod tym samym wezwaniem.

Ze względu na duże zewnętrzne podobieństwo do Kościoła Mądrości Bożej, uważa się, iż budynek ten został zaprojektowany przez tych samych architektów: Izydora z Miletu i Antemiusza z Tralles, a jego konstrukcja była swoistą "próbą generalną" przed budową "Wielkiego Kościoła". Jednakże pod względem architektonicznym kościół Sergiusza i Bakchusa bardzo się od niego różni. Z tego też względu opinia jakoby był on miniaturą Kościoła Mądrości Bożej poddana została szerokiej krytyce[1].

Dalsze dzieje  Wnętrze kościoła

W latach 536–537 pobliski pałac Hormizdasa przekształcił się w monofizycki klasztor. Uciekając przed prześladowaniami wyznawcy tej sekty, pochodzący ze wschodnich prowincji cesarstwa, znajdowali tu schronienie, które zapewniała im cesarzowa Teodora[3].

Aż do 1453 roku kościół ten był nieprzerwanie elementem klasztoru. W roku 551 Papież Wigiliusz, który kilka lat wcześniej został wezwany do Konstantynopola przez Justyniana, znalazł w kościele azyl przed cesarskimi żołnierzami, którzy chcieli go schwytać. Zdarzenie to wywołało później w mieście zamieszki[3]. W okresie Ikonoklazmu klasztor Sergiusza i Bakchusa stał się jednym z centrów tego ruchu w Konstantynopolu. Między innymi propagator tego ruchu Jan Grammatikos, późniejszy Ekumeniczny Patriarcha Jan VII Gramatyk, był tutaj od ok. 815-837 igumenem i w tym czasie przesłuchiwał i reedukował w kościele przeciwników tej doktryny (m.in Platona z Sakudion, Teodora Studytę, Teofana Wyznawcę, etc). W kościele znajdowały się relikwie jego patronów – głowy świętych Sergiusza i Bakchusa. Świątynia została odnowiona za panowania cesarza Bazylego I ok. roku 867.[4]

Po Upadku Konstantynopola w roku 1453, kościół pozostawał w pierwotnym użyciu aż do panowania Bejzyda II. Wtedy to właśnie (pomiędzy rokiem 1506 a 1513) został on zamieniony w meczet przez Hüseyin Ağa, zwierzchnika Czarnych Eunuchów, którzy byli odźwiernym Bramy Błogości (osm. Bab-ı-Saadet) w pałacu Topkapı. Dodano wtedy do istniejącej konstrukcji portyk oraz medresę[5].

W roku 1740 wielki wezyr Hacı Ahmet Pasza odnowił świątynię i dobudował do niej Abdest. Zniszczenia spowodowane przez trzęsienia ziemi z lat 1648 i 1763 zostały usunięte w 1831, za panowania sułtana Mahmuda II. W 1762 dobudowano minaret. Został on zniszczony w 1940. Odbudowano go ponownie w 1956.[5]

W ostatnich latach dokonano gruntownego remontu świątyni. Zakończył się on we wrześniu 2006.