Το Ηρώον στον νοτιοδυτικό τομέα.

Η ανθρώπινη παρουσία στην περιοχή χρονολογείται από το 8000 π.Χ., πριν κατοικηθεί κανονικά. Χετιτικά γραπτά αναφέρονται σε ένα ορεινό μέρος με το όνομα Salawassa τον 14ο αιώνα π.Χ., ενώ η πόλη αναπτύχθηκε κατά τον φρυγικό και λυδικό πολιτισμό. Η Σαγαλασσός ήταν μέρος της Πισιδίας στη δυτική μεριά της οροσειράς του Ταύρου. Κατά την περίοδο της Περσικής Αυτοκρατορίας η Πισιδία έγινε γνωστή για τις πολεμοχαρείς φατρίες της.

Η Σαγαλασσός ήταν μια από τις πλουσιότερες πόλεις της Πισιδία όταν την κατέκτησε ο Μέγας Αλέξανδρος το 333 π.Χ. στην πορεία του προς την Περσία. Είχε πληθυσμό που αριθμούσε τις μερικές χιλιάδες. Μετά το θάνατο του Αλεξάνδρου, η περιοχή περιήλθε διαδοχικά στα εδάφη του Αντίγονου, ίσως του Λυσίμαχου, των Σελευκιδών της Συρίας, και στη Δυναστεία των Ατταλιδών της Περγάμου. Τα αρχαιολογικό ιστορικό φανερώνει ότι ο ντόπιος πληθυσμός υιοθέτησε γρήγορα την ελληνιστική κουλτούρα.

Μετά τους Ατταλίδες, η Πισιδία έγινε μέρος της Επαρχίας της Ασίας της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας. Το 39 π.Χ. δόθηκε στον υποτελή βασιλιά της Γαλατίας Αμύντα, αλλά μετά το θάνατό του το 25 π.Χ., η Ρώμη την ενέταξε στην Επαρχεία της Γαλατίας. Κατά την περίοδο της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας η Σαγαλασσός έγινε σημαντικό αστικό κέντρο, που απολάμβανε την εύνοια ειδικά του Αυτοκράτορα Αδριανού, ο οποίος την ονόμασε "πρώτη πόλη" της Επαρχίας και κέντρο της λατρείας του Αυτοκράτορα. Κτήρια εκείνης της περιόδου έχουν ρωμαϊκό χαρακτήρα.

Γύρω στα 400 μ.Χ. η Σαγαλασσός οχυρώθηκε. Η πόλη υπέστη εκτεταμένη καταστροφή από σεισμό το 518, και η πανούκλα περίπου το 541 με 543 αποδεκάτισε τον τοπικό πληθυσμό. Αραβικές επιδρομές γύρω στο 640 απείλησαν την πόλη, και μετά δεύτερο καταστροφικό σεισμό στα μέσα του 7ου αιώνα μ.Χ. η τοποθεσία εγκαταλείφθηκε. Ο πληθυσμός πιθανόν εγκαταστάθηκε στην πεδιάδα. Ανασκαφές έχουν φέρε στο φως μόνο ίχνη ενός οχυρωμένου μοναστηρίου –ίσως μέρος θρησκευτικής κοινότητας, το οποίο καταστράφηκε τον 12ο αιώνα. Η Σαγαλασσός χάθηκε από τα ιστορικά αρχεία.

Στους επόμενους αιώνες, η διάβρωση κάλυψε την Σαγαλασσό. Δεν λεηλατήθηκε σε μεγάλο βαθμό από αρχαιοκάπηλους και λαθρανασκαφές, πιθανόν λόγο της (απόμακρης) τοποθεσίας της.

Ο εξερευνητής Paul Lucas, που ταξίδευε στην Τουρκία σε αποστολή για την αυλή του Λουδοβίκου ΙΔ', επισκέφτηκε τα ερείπια της πόλης το 1706. Μετά το 1824, όταν ο Francis Vyvyan Jago Arundell (1780 - 1846), Βρετανός ιερέας στη Σμύρνη και αρχαιοδίφης, επισκέφτηκε την τοποθεσία και ανακάλυψε το όνομα της πόλης από επιγραφές [1], Δυτικοί εξερευνητές άρχισαν να επισκέπτονται τα ερείπια. Ο Πολωνός ιστορικός της τέχνης κόμης Karol Lanckoroński έφτιαξε τον πρώτο χάρτη της Σαγαλασσού. Παρόλ’ αυτά, η τοποθεσία δεν ήταν στο επίκεντρο της αρχαιολογικής προσοχής μέχρι το 1985, όταν Αγγλό-Βεγλική ομάδα υπό τον Stephen Mitchell ξεκίνησε μεγάλη έρευνα στην τοποθεσία.