El destino de esta ciudad ha estado estrechamente ligado a la explotación de sus abundantes recursos de plata. De acuerdo con la evidencia que surge de las excavaciones realizadas, el lugar estuvo habitado ya durante el periodo neolítico.

El primer establecimiento minero fue fundado por los celtas en el siglo III a. C. Fue ocupado probablemente por la tribu céltica de los Cotini. Los autores romanos mencionaron las actividades mineras de los Cotini, que habían vivido en la actual Eslovaquia central hasta que fueron deportados a Panonia en el marco de las guerras marcomanas por Roma. El lugar también estuvo habitado por los primeros eslavos y un asentamiento fortificado eslovaco estuvo situado aquí durante el siglo X y el siglo XI.

En la Alta y Baja Edad Media la ciudad era el principal productor de plata y oro del Reino de Hungría (Eslovaquia fue parte de ese reino a partir del siglo XI hasta 1918). El lugar era denominado «terra banensium» (la tierra de los mineros) en 1156. A la población eslovaca inicial se le fueron uniendo colonos alemanes durante el siglo XIII. Banská Štiavnica ganó el estatus de ciudad real en 1238, como una de las primeras ciudades del Reino de Hungría.

Durante las guerras otomanas, los turcos hicieron esfuerzos concertados para conquistar los ricos pueblos mineros del centro eslovaco (Banská Štiavnica, Banská Bystrica y Kremnica). Esta nueva amenaza forzó a la ciudad a construir poderosas fortificaciones, incluyendo dos castillos, en el siglo XVI. Como uno de los centros más importantes de la reforma protestante en el país, la ciudad perteneció a la «Liga de los Siete Pueblos Mineros», junto con Banská Belá, Banská Bystrica, Kremnica, Ľubietová, Nová Baňa y Pukanec.

La ciudad fue también un importante centro de innovación en la industria minera. Fue uno de los primeros lugares donde la pólvora fue utilizada en una mina (1627). Para drenar aguas de las minas inundadas, se creó un sofisticado sistema de embalses y canales conocido como tajchy. Este sistema fue diseñado y construido por los científicos locales Jozef Karol Hell, Maximilian Hell y Samuel Mikovíny en el siglo XVIII. El tajchy no solo lograr evitó el cierre de las minas, sino que proporcionó energía para los inicios de la industrialización en la zona.

En 1735 Samuel Mikovíny creó en la ciudad la primera escuela técnica para la industria minera del Reino de Hungría. A principios de 1763, el Hofkammer en Viena, con el apoyo de la reina María Teresa, transformó la escuela en la Academia de Minería, creando la primera universidad técnica en el mundo.[1]​

En 1919, después de la creación de Checoslovaquia, la Academia fue trasladada a Sopron, en Hungría.

Las tradiciones estudiantiles de la Academia permanecen vivas en sus sucesoras, la Universidad de Miskolc y la Universidad Eslovaca de Tecnología, en Bratislava.

En 1782 Banská Štiavnica era la tercera ciudad más grande del Reino de Hungría (con 23.192 habitantes, que sumados a los pobladores de los suburbios alcanzaba los 40.000), tras Bratislava y Debrecen, pero el desarrollo de la ciudad estaba demasiado ligado a la industria minera, que fue progresivamente declinando desde la segunda mitad del siglo XIX. En la actualidad es un importante centro turístico, beneficiado por su rico patrimonio histórico.