Traslado de la imagen y dedicación del santuario de Guadalupe, Ciudad de México. Manuel de Arellano, 1709. La Colegiata de Guadalupe (1859) de Luis Coto. La Villa, 1885.

El templo conocido como la Antigua Basílica de Guadalupe fue edificado por el arquitecto Pedro de Arrieta, comenzando su construcción en marzo de 1695. El día 1 de mayo de 1709 abrió sus puertas, con un solemne novenario. En 1749 recibió el título de colegiata, es decir, que sin ser catedral, posee su propio cabildo y tenía un Abad. Su portada es exenta y simula un biombo, las cuatro torres octagonales de sus esquinas (coronadas con mosaicos o azulejos del tipo llamado talavera amarilla con cenefa azul, lo mismo que la cúpula del crucero) tienen un significado asociado a la Nueva Jerusalén, la Jerusalén de oro, mencionada en el Apocalipsis (Ap 21, 18).[1]​

Principiando el siglo XIX, debido a la construcción del convento de Capuchinas, la Colegiata sufría de graves daños en paredes y bóvedas, por lo cual fue necesario restaurar los daños y con este motivo redecorar el santuario en estilo neoclásico, desapareciendo el barroco. En el santuario, la reforma comenzó hacia el año de 1804, concluyendo hasta 1836. Entre 1810 y 1822 la obra se suspendió debido a la guerra de independencia. El diseño fue hecho por Agustín Paz y ejecutado por el arquitecto neoclasicista Manuel Tolsá.

Entre los años 1887 y 1895, con motivo de la Solemne Coronación Pontificia, el edificio sufrió una gran reforma de conservación, pues la estructura estaba dañada debido al paso del tiempo. Entre las reformas se contempló el desplazamiento de la sillería del coro de canónigos y la colocación del retablo de mármol de Carrara, acompañado de un baldaquino de columnas de granito escocés con esculturas de arcángeles de bronce. Se hizo una ampliación del edificio por la parte norte, re-adecuando las áreas del cabildo y la sacristía. En los muros fueron colocadas pinturas monumentales representando algún acontecimiento guadalupeño, de las cuales cuatro son de grandes dimensiones.

Concluida la obra, fue coronada solemnemente la Virgen de Guadalupe en 1895 por el arzobispo Próspero María Alarcón y Sánchez de la Barquera acompañado de otros obispos de la República.

En 1904 la colegiata es elevada al rango de basílica. En tiempos de la guerra cristera una bomba estalló en el altar mayor, habiendo llegado oculta dentro de un arreglo floral. Alrededor de las 10:30 de la mañana estalló causando daños a las escalinatas del altar y algunos daños más en los vitrales. Al ayate original no le pasó nada, solamente a un crucifijo, el cual se dobló y del que se dice que evitó que le pasara algo a la imagen de la Virgen, propiciando después que el altar fuera arreglado colocando la imagen un metro más alto.

Debido a este suceso, la imagen fue remplazada por una copia fiel y resguardada en la casa de unas personas devotas, y devuelta a su altar hasta 1929.

En ese mismo año al cabildo se le informó que la basílica sufría grandes daños en las bóvedas, y cercanas las fiestas del cuarto centenario de las apariciones de Santa María de Guadalupe a Juan Diego, el templo sufrió una última reforma de ampliación de la nave principal, trasladando el retablo de mármol y el baldaquino hacia atrás, lo que acrecentaría la zona de la feligresía.

Fue colocado un órgano monumental en el área del coro, fue sustituido el piso de madera por uno de mármol, se construyó un nuevo transepto más alto que el original, que serviría para resguardar dos órganos y al centro construir un cimborrio, que ayudaría a iluminar el presbiterio.

En el área del presbiterio se colocó parte de la sillería original de la Colegiata. Para ingresar al presbiterio se construyó una gran escalinata cerrada a ambos lados con dos águilas de bronce.

La bóveda de la cúpula fue revestida en mosaico veneciano, obra de Bartolomé Galotti, quien diseñó también las pechinas de la cúpula central y las pechinas de las cuatro bóvedas vaídas, en cada una de las cuales, en el mismo material, colocó un profeta del Antiguo Testamento.

Toda la obra corrió a cargo del arquitecto Luis G. Olvera, quien rediseñó los marcos de las pinturas así como la yesería ornamental de estilo neobarroco que encontramos actualmente en bóvedas y muros.

En cada uno de los ventanales se colocó un emplomado realizado por la Casa Víctor Marco y donados por la sociedad mexicana de la época. Cada uno representa un pasaje del Evangelio en el que aparece la Virgen María.

La capilla del Sagrario fue también redecorada al nuevo estilo de la basílica. En el altar se colocó un sagrario de plata cincelada y fundida que reproduce la fachada del convento de San Agustín, en Acolman; tal sagrario es obra de Vicente Torres. En el área del ábside se incluyó un retablo que alberga parte de lo que los creyentes católicos consideran el tesoro espiritual de la basílica: reliquias de los Lugares Santos y de diferentes santos de la Iglesia católica. En la colección destaca una reliquia particular: una astilla de la Vera Cruz.

En esta capilla se resguarda parte del barandal original del siglo XVIII y la sillería coral de madera de cedro tallada estilo rococó junto con la reja con piezas de diferentes metales, misma que fue colocada en esta capilla en la década de los 1960s por el abad Guillermo Shulemburg.

Para mediados del siglo XX, el edificio sufría de gran deterioro estructural y hundimiento desproporcionado, a lo que se sumaba el espacio ya insuficiente para albergar las grandes peregrinaciones que acudían a la basílica. Esto obligó a su cierre y la construcción de un templo más grande. Ya terminada gran parte de la obra, el 12 de octubre de 1976 se trasladó el ayate a su nueva sede y se cerró la que fuera casa de Santa María de Guadalupe por 267 años.

En 1979, el INAH (Instituto Nacional de Antropología e Historia), Conaculta y la Conferencia del Episcopado Mexicano inician un proyecto de restauración para evitar la pérdida del edificio. Este proyecto, al igual que el proyecto de recuperación de la Catedral Metropolitana de la Ciudad de México y el de la Torre de Pisa en Italia, consiste en evitar la caída de edificios con estructuras pesadas contraídos sobre suelos blandos que sufren de hundimiento no uniforme, levantando lentamente la estructura con gatos hidráulicos y posteriormente sustituyendo el suelo blando con pilotes de concreto. Aunque este proyecto de recuperación no finalizó en su totalidad, su primera y principal etapa concluyó en el año 2000, justo a tiempo para celebrar el Jubileo. En ese año, la Antigua Basílica, ahora con la denominación de Templo Expiatorio a Cristo Rey fue reabierta a los visitantes en el marco del Año Santo y del Congreso Eucarístico Nacional, que se llevó a cabo en la Ciudad de México. En ella se expone al Santísimo Sacramento las 24 horas del día.

Actualmente el edificio ya fue restaurado en su mayor parte, cuenta con un nuevo piso de mármol en el área de la feligresía y el presbiterio, así como un restaurado órgano Würlitzer de 1931, que había permanecido en silencio 34 años. El templo cuenta con actividades evangelizadoras y culturales, como los miércoles de enseñanza denominados «Miércoles de comunidad», y retiros mensuales. Entre las actividades culturales se cuentan variados conciertos en el transcurso del año.

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