En 1958, los esfuerzos de Roger Revelle para establecer un Instituto de Ciencia e Ingeniería adyacente a la Institución de Oceanografía Scripps fueron encabezados por su deseo de construir inmediatamente un edificio de ciencias y biblioteca en el sitio actual de Revelle College. Cuando la universidad se construye con el tiempo, bibliotecario de la universidad Melvin Voigt ideó un plan para comprar libros para los tres nuevos UC campus: UC San Diego, California en Santa Cruz, y la Universidad de California en Irvine. La primera biblioteca de ciencia e ingeniería en Urey Hall satisfizo las necesidades de la escuela centrada en la ciencia.

Sin embargo, cuando los miembros de la facultad comenzaron a fundar departamentos de ciencias sociales y humanidades, el canciller John Semple Galbraith tuvo claro que había llegado el momento de establecer las principales colecciones de bibliotecas del campus. Una de las condiciones de la aceptación de Galbraith de la cancillería de UCSD había sido que UCSD albergaría una de las tres grandes bibliotecas del sistema de UC.[1]​ Para lograr este fin, formó un comité que encargó al arquitecto William L. Pereira la preparación de un plan maestro para el Centro Universitario y su punto focal, la Biblioteca Central.[2]​

El plan de Pereira requería que el Centro Universitario se trasladara al norte y al este, junto con el edificio propuesto para la biblioteca. Esto resultó en una revisión del plan de desarrollo a largo plazo del campus: los tres "grupos" de cuatro universidades cada uno serían más compactos, lo que permitiría una biblioteca auxiliar en cada grupo. El edificio propuesto se diseñó alrededor de una torre esferoidal, para maximizar el área de pilas a la que se podía acceder en un tiempo determinado desde el centro. Esta torre iba a estar situada en lo alto de un nivel principal que contenía el personal y las áreas públicas de la biblioteca.

El sitio elegido permitió que futuras expansiones descendieran hacia el cañón. La construcción del primero de los tres incrementos comenzó en julio de 1968; los dos pisos principales se construyeron primero para formar la base de la estructura. Esto permitió la colocación de andamios para apoyar la construcción de la torre. La ceremonia de finalización del edificio de la Biblioteca de la Universidad Central tuvo lugar en diciembre de 1969 y su inauguración formal fue en marzo de 1971.[2]​

La Biblioteca Central, combinada con la Biblioteca Scripps original, el edificio Biblioteca de Humanidades (ahora Galbraith Hall) en Revelle College, y la Biblioteca Biomédica (construida en 1969),[3]​ pudo apoyar y representar a la universidad en crecimiento durante años. En 1990, comenzó la construcción de una expansión subterránea de dos pisos y 12 713 m² del nivel principal. El proyecto incluyó la renovación de la instalación existente para cumplir con las normas de seguridad y costó 38 millones de dólares, proporcionada por la Proposición 78 de 1988 de California.[4]​ La expansión, diseñada por Gunnar Birkerts, se completó en febrero de 1993.[5]​ En 1995, Audrey Geisel, residente de La Jolla, donó 20 millones de dólares a la biblioteca de UCSD, complementando su donación de 1991 de 2,3 millones de las obras originales de su esposo Theodor Seuss Geisel. A cambio, la biblioteca pasó a llamarse Biblioteca Geisel.[6]​

Entre la primera y la segunda renovaciones de la Biblioteca Geisel, también se renovaron o cerraron varias otras instalaciones de la biblioteca de UCSD. La biblioteca biomédica recibió una expansión de 17 millones de dólares y 4037 m² en 2006.[7]​ En 2011, la biblioteca SIO, la biblioteca IR / PS, la biblioteca del Centro Médico Hillcrest y el Centro de Servicios de Computación e Instrucción Bibliotecaria (CLICS) se cerraron y sus colecciones se consolidaron en la Biblioteca Geisel debido a recortes presupuestarios en todo el sistema.[8]​ En 2015, los funcionarios de la universidad anunciaron que la Biblioteca Geisel comenzaría a someterse a su segunda renovación. Esta renovación incluye la construcción de un café llamado Audrey's en el nivel principal de la biblioteca.[9]​

El nombre actual de Geisel Library ha sido objeto de críticas cada vez mayores en los últimos años, debido a la creciente conciencia de la propia expresión de Theodor Geisel de antinegritud, orientalismo y otras creencias cargadas racialmente[10]​ mediante dibujos animados y otros trabajos que produjo a lo largo de la mayoría de su carrera. Aunque Theodor Geisel llegó a renunciar a sus caracterizaciones más racialmente ofensivas durante una entrevista para su alma mater de Dartmouth College, UC San Diego no ha recibido una respuesta oficial a los estudiantes que solicitan un cambio de nombre.[11]​