Cueva de las Manos, a orillas del río Pinturas, en Santa Cruz, Argentina, 7300 a. C.

 

Río Pinturas, en cercanías de la Cueva de las Manos.

 

Grupo de aonikenk, dibujo francés de 1832.

 

Réplica de la nao Victoria de Hernando de Magallanes en el Museo Nao Victoria de Punta Arenas.

Si bien se desconoce con exactitud cuando comenzó a poblarse la Patagonia, se suele aceptar la presencia humana en dichas tierras desde al menos 10 000 a. C.[1]​ Antes de la llegada de los europeos, la Patagonia se encontraba poco poblada. Para el siglo XIX, la región norte estaba habitada principalmente por mapuches, y otros pueblos mapuchizados. Más al sur habitaban los puelches y varios pueblos de lengua chon, entre ellos los denominados "patagones" y otros cuya lengua no parece estrechamente relacionada con la de sus vecinos como los alacalufes, los chonos y yaganes.

En un comienzo, se denominaba como Patagonia a toda la zona austral del continente deshabitada por los europeos, es así que por su fachada atlántica desde 1522 y hasta el siglo XVIII, en los mapas, solía ser llamada Patagonia a toda la extensión inmediatamente al sur del estuario del Río de la Plata.

Durante esta época, existió la creencia de que en este territorio inhóspito existió una ciudad española de ubicación desconocida, conocida como la ciudad de los Césares. El interés por hallarla fue uno de los principales motivos de las exploraciones españolas en el área durante los siglos XVII y XVIII.

La falta de conocimiento del territorio y la inevitable imprecisión de la cartografía de la época, llevó a las marcaciones territoriales de las provincias virreinales a un plano tan difícil como difuso, amén que la Corona española no estaba interesada en realizar delimitaciones más precisas. Esta situación llevó a que los estados sucesores de España en la región disputaran su posesión una vez que sus habitantes indígenas fueran reducidos y se llegara a una división general por medio del Tratado de 1881 entre Argentina y Chile.

Durante su viaje alrededor del mundo a bordo del HMS Beagle junto al capitán Robert Fitz Roy, entre los años 1832 y 1834, Charles Darwin recorrió las costas, estepas y montes de la Patagonia, dando importantes aportes en materia de: antropología, geología, zoología, y paleontología. Durante su recorrido por Puerto Deseado estudió al guanaco. En Puerto San Julián logró un análisis geológico de la Patagonia. Colectó fósiles de grandes animales extintos (entre estos los de un Toxodonte). Registró la actividad del cóndor y los distintos tipos de zorros de la Patagonia. Contribuyó en temas como el clima de las costas del estrecho de Magallanes, ascendió al monte Taru, recogió y analizó los hongos comestibles, los bosques nativos y las plantas marinas. Estas observaciones se recogieron en sus escritos que posteriormente derivarían en la teoría de la evolución.[2]​