El hospital se fundó en 1401 por la fusión ("reducción") de seis hospitales que por aquel entonces existían en Barcelona y que a raíz de la peste de 1348 y la crisis demográfica posterior entraron en una profunda crisis económica. El nombre de la nueva institución fue hospital de la Santa Cruz. La MIA (Muy Ilustre Administración) se componía de dos canónigos de la catedral de Barcelona y dos miembros del Consejo de Ciento (órgano de gobierno de la ciudad de Barcelona). La gestión estaba a cargo de un Prior, que siempre era un sacerdote (en Valencia se llamaba clavario y en Zaragoza Mayordomo). Hasta 1904, fue la principal institución asistencial del principado de Cataluña y, con los hospitales de Gracia de Zaragoza y General de Valencia, las tres piezas clave del dispositivo de acción social de la Corona de Aragón. Situado en el Raval de Barcelona (actualmente el edificio es la sede de la Biblioteca de Cataluña) el crecimiento urbanístico de la ciudad durante el siglo XVIII le rodeó. Si hasta 1714 la hegemonía en la MIA la tuvo el brazo civil, durante el periodo borbónico, hubo una evidente desafección de los concejales en favor de un poder creciente del brazo religioso de la Junta que condujo a percibir lo que era un hospital civil como un hospital religioso. Este hecho motivó que el papel de los médicos fuese subalterno. Los cambios en la formación médica durante el XIX movieron a muchos médicos a efectuar críticas muy acerbas relativas al funcionamiento del hospital, y a la subordinación del mismo a los intereses religiosos. Por eso, inspecciones municipales como la de 1847 y numerosos escritos en la prensa cuestionan la política asistencial de la institución, y por eso los médicos lucharon porque la facultad de medicina y el hospital universitario se trasladasen a otra institución (el Clínico).

Desde principios del siglo XIX menudean las quejas sobre la vetustez del edificio y la imposibilidad de garantizar su ampliación en un contexto de creciente urbanización y demanda asistencial, así como críticas acerbas ante el modelo de gestión de la institución, defendida por la MIA como de beneficencia particular, de tal manera que Barcelona no dispuso de un hospital de gestión pública hasta la aparición del Clínico. La aplicación de la Ley de Beneficencia de 1849 y del Reglamento de 1852, y sobre todo la desamortización de buena parte de su patrimonio rústico y urbano mediante las leyes de Madoz, pusieron en cuestión la autonomía del hospital de los poderes públicos y la necesidad de adaptarse a la legislación. Con objeto de mantener su independencia, la Administración instó su conversión en hospital de beneficencia privada, estatuto que mantuvo hasta los acuerdos entre la MIA y la Generalidad Provisional en 1978 y que supusieron la entrada en la Administración de la Generalidad de Cataluña y el nombramiento por esta del Presidente. Desde entonces, el hospital actúa como proveedor de servicios del Instituto Catalán de la Salud en el marco de la Red Hospitalaria de Utilidad Pública.