Dos pescadores kenianos, Dalmas Tembo y George Kibebe, afirman haber sido los primeros habitantes de la isla. Joseph Nsubuga, un pescador ugandés, dice que se instaló en Migingo en 2004, cuando todo lo que encontró en la isla era una casa abandonada y, posteriormente, otros pescadores de Kenia, Uganda y Tanzania llegaron a la isla por su proximidad a zonas de pesca ricas en percas del Nilo.

Las protestas de Uganda giran en torno a los derechos de pesca, sobre todo por el valor de la perca del Nilo. En julio de 2009, el gobierno de Uganda cambió su posición oficial, afirmando que mientras Migingo es, de hecho, de Kenia, la mayor parte de las aguas cerca de ella eran de Uganda.[1]​

Entre 2008 y 2009, la misma isla fue reclamada tanto por Kenia como por Uganda. El 11 de mayo de 2009, el presidente de Uganda Yoweri Museveni reconoció que la isla se encuentra en Kenia, pero continuó señalando que los pescadores de Kenia practicaban la pesca ilegal en aguas de Uganda que se encuentran a pocos cientos de metros al oeste de Migingo.[2]​ Uganda retiró sus tropas, y se acordó que todos sus policías debían abandonar la isla.[3]​

La economía de la isla gira en torno a la pesca de la perca del Nilo, una especie introducida en la década de 1940 que depredó las especies locales pero es muy codiciada por los pescadores.