La región del río Gila era una zona que proporcionaba alimentos mediante el cultivo, la recolección y la caza. En la parte alta floreció la cultura Mogollón desde el año 1275 hasta principios del siglo XIV; durante el periodo arqueológico Pueblo III.[1]​ Estos pueblos abandonaron la zona por motivos desconocidos, y dejaron tras de sí sus viviendas, las más tarde llamadas Casas del acantilado.

Es probable que los indios nativos americanos locales conocieran la ubicación de las ruinas, sin embargo, el primer registro de existencia de las casas del acantilado de Gila lo hizo Henry B. Ailman (un emigrante de Nuevo México que residía en Silver City). En el verano de 1878, Ailman y varios compañeros fueron convocados para servir como jurado y, en un esfuerzo por evitar la citación, organizaron un viaje de prospección al río Gila, donde posteriormente llegaron al sitio.[2]​ Si bien buscaban reliquias, Ailman encontró solo pequeñas mazorcas de maíz. El año siguiente informó que otros hombres habían encontrado el cuerpo desecado envuelto en pañales de un bebé, que fue fotografiado y enviado a la Instituto Smithsoniano. Sin embargo, no hay registro de tales restos en Washington D. C.[3]​

A lo largo de los años siguientes, muchos visitantes estudiarían las viviendas. En poco tiempo, el sitio se volvió más accesible y, en la década de 1890, los hermanos Hill habían establecido un centro turístico en las cercanías de Gila Hot Springs. Los Hill comenzarían los primeros recorridos a las ruinas para visitantes. En junio de 1906, el Rep. John F. Lacey de Iowa y presidente del Comité de la Cámara de Tierras Públicas presentó un proyecto de ley para la regulación de sitios prehistóricos. La Ley para la Preservación de Antigüedades, comúnmente conocida como la Ley de Antigüedades, autorizó al presidente de los EE. UU. a proteger tierras que contenían ruinas prehistóricas e históricas por orden ejecutiva.

Estas reservas federales se denominaron Monumentos Nacionales y debían ser administradas por los departamentos del Interior, Agricultura y Guerra, según la agencia que controlaba un sitio en particular antes de retirarlo para su conservación.[4]​ En diciembre de 1906, el supervisor forestal de Gila, RC McClure, informó al guardabosques jefe en Washington D. C., que la presencia de Casas del acantilado justificaba su conservación por parte del Gobierno nacional, para evitar el expolio de más artefactos.

En el sitio se encontraron varios cuerpos momificados, aunque la mayoría se perdieron entre saqueadores y coleccionistas privados. En 1912 se encontró un cementerio, donde se localizó un bebé momificado al que más tarde se denominó Zeke. El descubrimiento atrajo la atención nacional y aumentó la popularidad del monumento y el número de visitantes. Esta atención fue debida a un artículo sensacionalista de la revista Sunset sobre una antigua raza de enanos de 8.000 años de antigüedad en las cabeceras. Esta momia fue la primera y única momia en llegar al Smithsonian, donde está registrado como el cuerpo de un bebé.[3]​

El primer guardabosques fue Doc Campbell, uno de los primeros pobladores estadounidenses de la región. Ayudó a los equipos del Servicio de Parques Nacionales a estabilizar las ruinas.[5]​

La administración del monumento se transfirió del Departamento de Agricultura de los Estados Unidos al Servicio de Parques Nacionales el 10 de agosto de 1933, mediante la Orden Ejecutiva 6166. El presidente Kennedy firmó más tarde la proclamación n.º 3467, aunque agregó aproximadamente 375 acres (1,5 km²) y que contenía las Ruinas TJ, así como un área silvestre adicional. En la primavera de 1975, el Servicio de Parques Nacionales y el Servicio Forestal de EE. UU. firmaron un acuerdo de cooperación por el que el Bosque Nacional de Gila es responsable de la administración del monumento, pero volvió al NPS en 2003.[6]​

Algunos arqueólogos sostienen que Mogollón comienza en el 1.000 a. C. sobre la base cultural de la Tradición del Desierto dada por la Cochise, que según los mismos, en el 2.000 a. C. ya cosechaban un tipo de maíz primitivo. La transición, de una sociedad arcaica a otra de agricultores sedentarios con cerámica introducida desde el sur, se completó alrededor del 300 d. C.

Este Monumento Nacional (Gila Cliff Dwellings National Monument) de Nuevo México, conserva viviendas subterráneas construidas entre los años 100 y 400 d. C., y otras en los acantilados que datan entre el 1.270 y el 1.300 d. C., con entradas en forma de "T".

La principal fuente alimenticia de los pobladores de la región provino de la domesticación y cultivo de especies como: yuca, maíz, girasol, hierbas y nueces.

En un primer momento, sus asentamientos se caracterizaron por un gran número de casas-pozo de dimensiones pequeñas. A partir del 1.000 d. C. comenzaron a construirlas sobre el nivel del suelo y, por influencia Anasazi, aparecieron los complejos ceremoniales y, en algunos casos, residencias de varones conocidas como "kivas", sobrevivientes de las casas-pozo.[7]​