Galoek sortu zuten K.a. I mendean eta ondoren erromatarra izan zen, Reginca edo Aletum izena hartu zuelarik. IV mendean saxoiek hartu zuten eta gotorlekua eraiki zuten estuarioa itsasoko piraten erasoetatik babesteko.

V eta VI mendeetan britoiak iritsi ziren eta San Aaron eta San Brendanek altxaturiko monasterioaren inguruan haziz joan zen hiria. Izena Saint Malo (edo Maclou) apaizak ematen dio, kondairaren arabera Brendani jarraiki Galesetik etorri zenak.

Hiriak beti izan du izaera propioa eta 1590an independentzia aldarrikatu zuen "ez frantses, ez bretoi, malotarra baizik" leloa hartuz. 3 urtez izan zen errepublika independientea. XIX mendean pirata eta kortsarioen babesleku bihurtu zen eta hauek itsasontzi ingelesei zerga ezarri zien Mantxako kanala zeharkatzearen truke.

Bigarren Mundu Gerran 1994ko abuztuaren amaieran amerikar eta britainiarren bonbaketek San Maloko alde zaharra erabat suntsitu zuten eta 1948 eta 1960 artean dena berreraiki zen.

1998an Europako babes politika ezartzeko bertan bildu ziren Frantzia eta Ingalaterrako ordezkariak.