پایگاه فضایی بایکونور (به روسی: Космодром Байконур) قدیمی‌ترین و یکی از بزرگ‌ترین تشکیلات پرتاب فضایی فعال در جهان است. این پایگاه رکورددار تعداد پرتاب‌های فضایی در جهان است. نخستین فضانورد جهان، از این پایگاه به فضا پرتاب شد.

این پایگاه فضایی در منطقه ای بیابانی در نزدیکی شهر بایکونور و در ۲۰۰ کیلومتری شرق دریاچه آرال و شمال رود سیردریا و در جنوب کشور قزاقستان واقع شده‌است. ارتفاع این پایگاه از سطح دریا نود متر و طول و عرض محدودهٔ پایگاه به ترتیب ۹۰ و ۸۵ کیلومتر است.

پایگاه فضایی بایکونور در دههٔ ۱۹۵۰ برای اجرای بخشی از برنامه‌های فضایی اتحاد شوروی ساخته شد. یکی از پرتابگاه‌های آن به نام «پرتابگاه گاگارین» محل پرتاب یوری گاگارین نخستین فضانورد جهان با فضاپیمای وستوک-۱ است.