1300-luvulle saakka paavillinen hallinto sijaitsi Lateraanipalatsissa. Vatikaani (lat. mons Vāticānus) tarkoitti Tiberjoen oikealla puolella sijaitsevaa kukkulaa, jolla antiikin aikana sijaitsi keisari Neron rakennuttama Vaticanuksen sirkus. Kukkulan nimi tulee etruskista, vaikka aiemmin sen on uskottu johdetun latinan ’ennustajaa’ tarkoittavasta sanasta vates (vrt. vāticinātiō ’ennustus’).[1][2] Sirkuksen pohjoispuolella sijaitsi pieni hautausmaa, jonne oletetaan haudatun apostoli Pietari.[3] Pian alueelle rakennettiin ensimmäinen kirkko ja 300-luvulla suurempi Konstantinuksen basilika.[4] Näin Vatikaanista tuli keskeinen pyhiinvaelluskohde. Seuraavina vuosisatoina alueelle rakennettiin lisää rakennuksia, jotka tarjosivat pyhiinvaeltajille majapaikan. 800-luvulla paavi Leo IV rakennutti alueen suojaksi linnoituslaitteet (civitas leonina). Paavin katedraalikirkkona pysyi kuitenkin edelleen Lateraanikirkko.

Rooman valtakunnan romahdettua paavit perustivat Kirkkovaltion niin sanotun Konstantinuksen lahjakirjaan vedoten. Vuonna 751 tämä oikeus vahvistettiin. Lahjakirjassa keisari Konstantinus antaa paavi Sylvester I:lle ja hänen seuraajilleen vallan Roomaan ja Länsi-Rooman kaupunkeihin.[5] Tämä oli niin sanottu Pyhän Pietarin perintö. Lisäksi asiakirjan mukaan paaville annettiin keisarin arvomerkit ja papeille senaattorin arvo.[5] Konstantinukselle jäi lahjakirjan mukaan Itä-Rooma. Lahjakirjan mukaan lahjoituksen syynä oli paavin keisarille antamat kristinuskoa koskevat neuvot. Paavi oli lahjakirjan mukaan myös kastanut hänet.[5] Katolinen kirkko myönsi lahjakirjan väärennökseksi vasta 1800-luvulla.[5]

Paavien palattua Avignonista Roomaan vuonna 1377 ja skisman päätyttyä Vatikaanista tuli paavillisen hallinnon, kuurian, Kirkkovaltion ja koko katolisen kirkon keskus. Skisman jälkeen uutta kirkollista yhtenäisyyttä pyrittiin korostamaan suuriluonteisilla, vuosisatoja kestäneillä rakennushankkeilla. Esimerkiksi Pietarinkirkko korvattiin uudella, entistä suuremmalla kirkolla.

Kirkkovaltio laajeni samanaikaisesti. 1800-luvulle saakka se kattoi nykyisen Keski-Italian. Vuonna 1798 Ranskan vallankumouksen vaikutuksesta se julistettiin kuitenkin tasavallaksi, jonka alueet liitettiin vuonna 1808 Italian kuningaskuntaan.[6] Wienin kongressissa Kirkkovaltio perustettiin jälleen uudestaan.[6]

Italian yhdistymisvaiheessa kuningas Viktor Emanuel II miehitti Kirkkovaltion sotilaallisesti vastoin paavi Pius IX:n tahtoa.[7] Tästä alkoi Vatikaanin vankeutena tunnettu aika, jolloin paavinistuin säilytti viileät suhteet Italian valtioon ja jolloin paavit kieltäytyivät poistumasta Pietarinkirkon lähialueilta.[7] Pius IX:tä seuranneet paavit pitivät edelleen suhteet Italiaan kylminä. Pius IX:tä paavinistuimelle seurasi ensin Leo XIII, sitten Pius X ja Pius XI:n edeltäjä Benedictus XV. Vasta Benedictus XV:n pontifikaatin aikana alkoivat jonkinasteiset neuvottelut Italian valtion kanssa.

 

Paavi Pius XI.

Vuonna 1922 paaviksi valittu Pius XI halusi lopettaa Italian ja Pyhän istuimen välisen riidan ja onnistuikin tässä.[8] Jo vuonna 1919, jolloin Benedictus XV oli ollut paavina, oli aloitettu neuvottelut paavillisen kuurian ja Italian valtion välillä. Ennen virallisia neuvotteluja Pius XI:n aikana oli käyty myös muutamia epä- ja puolivirallisia neuvotteluja Italian kanssa.[9]

Pius XI kävi 1929 virallisia neuvotteluja fasistisen Italian johtajan Benito Mussolinin kanssa. Neuvottelujen tuloksena solmittiin samana vuonna lateraanisopimukset, jotka takasivat Vatikaanille itsenäisyyden ja katoliselle kirkolle suosituimmuusaseman Italiassa.[10] Sopimukset siis perustivat Vatikaanin valtion, ja ne antoivat myös takaisin paavinistuimen riippuvuuden ja paaville määräysvallan Vatikaanissa.[9] Lateraanisopimuksissa sovittiin myös konkordaatista Italian ja paavinistuimen välillä.[9] Konkordaatin seurauksena katolisuudesta tehtiin valtionuskonto ja kouluissa alettiin opettaa uskontoa katolisen kirkon mukaisesti.[9] Paavinistuin sai lisäksi korvauksia sitä kohtaan Italian ja paavinistuimen kiistassa saamistaan vääryyksistä. Korvausten summa oli 1 750 miljoonaa Italian liiraa.[9] Paavi joutui tekemään itsekin vastapalveluksen Mussolinille, kuten esimerkiksi lopettamaan fasisteja vastustavan kristillisen kansanpuolueen tukemisen.[10] Paavi Pius XI kielsikin pappeja osallistumasta politiikkaan, jolloin muun muassa kansanpuoluetta johtava Luigi Sturzo lähti vapaaehtoisesti maanpakoon.[10]