La désignation titulus Clementis (littéralement propriété de Clément) apparait pour la première fois dans les actes de l'évêque de Rome Sirice (384-398) et désigne le lieu de culte correspondant à la future basilique de Saint Clément. Le titulus Clementis fait alors partie des 25 tituli, églises existant à l'intérieur de Rome, identifiées lors des conciles romains de 499 et 595[1].

La basilique antique est le lieu de conciles présidés par les papes Zosimus (417) et Symmaque (499). En 533, Mercurius, prêtre du titulus Clementis est élu pape, et prend le nom de Jean II (533-535).

Le dernier événement majeur ayant lieu dans la basilique inférieure est l'élection en tant que pape du cardinal de Saint-Clément, Rainerius, sous le nom de Pascal II, en 1099.

En 1084, Rome est mise à sac par les troupes du normand Robert Guiscard. L'ancienne basilique est endommagée et menace ruine. Anastase, cardinal titulaire de Saint-Clément, décide en 1100 de la reconstruire. Après récupération des éléments de décor en marbre, les anciennes nefs sont comblées de remblais et une nouvelle basilique est reconstruite par-dessus les vestiges. Ensevelie, l'ancienne basilique tombe dans l'oubli pour sept siècles, jusqu'aux fouilles menées par le père Joseph Mullooly (en)[2].

La tradition qui veut qu'une communauté de Bénédictins ait desservi Saint-Clément à partir du VIe siècle se fonde sur une lecture erronée des Dialogues de Grégoire le Grand (590-604). Ce n'est qu'en 1403 que le pape Boniface IX confie Saint-Clément à la Congrégation Augustinienne de Saint Ambroise de Milan, dite plus simplement des moines ambrosiens. Après la dissolution de cette congrégation en 1643, Saint-Clément est confié aux Dominicains de Saint Sixte, puis cédé en 1667 en propriété perpétuelle à l'Ordre dominicain. En 1677, Saint-Clément est donné aux Dominicains d'Irlande, lorsque l'Angleterre proscrit l'Église catholique irlandaise et expulse l'ensemble des membres du clergé. Le pape Urbain VIII leur donne refuge à Saint-Clément, où ils s'installent, gérant une résidence pour l'étude et l'enseignement des prêtres à Rome. La basilique est depuis cette date gérée par des Dominicains irlandais[3].

À partir de 1857, le père Joseph Mullooly (en) dégage le bas-côté nord de l'ancienne basilique, jusqu'au mur ouest. De là, en contournant les fondations de l'abside, il atteint l'ancienne nef sud en 1861, puis réussit à déblayer entre 1862 et 1870 toute la partie centrale de la basilique souterraine et, à un niveau inférieur d'époque romaine, une partie du bâtiment contenant un mithraeum. L'annexion des États pontificaux par Victor-Emmanuel II en 1870 et l'inondation permanente du niveau romain interrompirent ces fouilles, qui ne purent reprendre qu'après le creusement par le père Louis Nolan d'un tunnel de drainage entre 1912 et 1914. Vingt-cinq ans plus tard, le père Pius O'Daly dégagea une partie des pièces du bâtiment romain situé sous l'ancienne basilique. Enfin en 1945, le père Raymond Dowdall reprit les dégagements le long de la nef nord de la basilique inférieure[4].

Selon la vision traditionnelle de l'histoire des débuts du christianisme à Rome, les premiers chrétiens célébraient le culte dans des maisons privées, appelées « églises domestiques » par les spécialistes. Ces anciens lieux de culte auraient évolué au fil des siècles, d'églises domestiques dans une maison privée, en église, puis en basilique, reflétant l'émergence officielle de l'Église à partir du IVe siècle, tandis que le nom des propriétaires se serait conservé depuis le Ier siècle dans celui des tituli[5].

Selon cette vision, le titulus Clementis était une maison appartenant à un certain Clément, chrétien du Ier siècle et martyr. Certains érudits attribuèrent cette maison au consul romain Titus Flavius Clemens[6], cousin de l'empereur Domitien et exécuté en 95 pour « impiété, athéisme et mœurs juives »[7],[8]. Par ailleurs, Jérôme de Stridon mentionne en 392 dans sa Vie de Clément, troisième ou quatrième évêque de Rome, l'existence d'une église construite à Rome qui porte encore son nom[9]. On a aussi suggéré que cet évêque de Rome aurait été un esclave de la maison de Flavius Clément. Sa vie et sa mort sont inconnues, on ignore même s'il fut martyr, mais une tradition tardive et apocryphe rapporte qu'il fut exilé en Tauride, et noyé dans le Pont-Euxin. Ses reliques présumées ont été ramenées de Tauride à Rome par saints Cyrille et Méthode en 867, et enterrées dans la basilique Saint-Clément[10].

Les découvertes archéologiques du niveau antique ayant été menées par des Dominicains, leur interprétation refléta la vision hagiographique en vigueur, ils identifièrent donc le bâtiment du Ier siècle sous la basilique ancienne comme le titulus Clementis, l’habitation particulière d’un chrétien du Ier siècle nommé Clément[6]. Mgr Edouard Junyent qui publie cette thèse en 1932 réfute toutefois l'attribution de cette possession à l'évêque de Rome Clément Ier, dont le culte ne fut associé à Saint-Clément que plus tard, et se refuse faute d'éléments probants à l'attribuer à Flavius Clemens[11].

Plus récemment, Charles Pietri a réfuté ces raisonnements qui rajeunissaient les tituli pour les dater du Ier siècle et correspondre ainsi à la théorie, montrant la fragilité de leurs présupposés. La notion de titulus à caractère chrétien n'apparait pas avant le IVe siècle, probablement lors des restitutions de propriétés confisquées lors des dernières persécutions, et les fouilles ont démontré que ces tutili/églises s'établissaient en superposition d'édifices antérieurs aux fonctions les plus diverses, et rarement des habitations[5]. Dans le cas de Saint-Clément, le titulus Clementis et la basilique furent édifiés par-dessus un bâtiment industriel constitué d'une série d'ateliers, désaffectés à la fin du IIIe siècle[12].