Cette commune occupe la plus grande partie de la côte du levant du massif du cap de Creus. Isolée par les montagnes, Cadaqués vit face à la mer et pratiquement séparée, par la terre, du reste de l'Empordà, jusqu'à la fin du XIXe siècle.

Là où se trouve Cadaqués, beaucoup de bandes de pirates venaient autrefois se réfugier après avoir attaqué les navires en haute mer.

La vigne qui l'a enrichie au XVIIIe siècle, l'a pratiquement ruinée avec l'arrivée du phylloxéra au début du XXe siècle.

Paradoxalement, l'isolement du village devint un facteur de prospérité au début du XXe siècle car les touristes se disséminaient dans les zones d'accès plus facile en ignorant ses coins les plus reculés, ce qui permit de conserver une certaine virginité urbanistique très appréciée actuellement. Cadaqués doit son charme intact à Salvador Dalí qui l'a défendue contre les promoteurs immobiliers.

Le village est dominé par l'église Sainte-Marie, qui contient un autel baroque exceptionnel par sa taille et son originalité, et dont les piliers sont soutenus par quatre géants. Le bras de l'un aurait été cassé par le joueur de piano mécanique manchot pendant la guerre civile espagnole qui donna son titre à un film Les Pianos mécaniques avec Melina Mercouri, filmé à Cadaqués en 1964. Elle abrite également un orgue ibérique du XVIIe siècle à transmission mécanique en bois.