Au IXe siècle, une forteresse dénommée Conca se trouvait à cet emplacement, construite par les musulmans qui dépendaient de l'émirat de Valence au temps des rois de Taïfas. Cette forteresse passera plus tard sous le pouvoir du roi de Séville Al-Maramit, puis aux mains des Almoravides, enfin à celles d'Alphonse VIII de Castille qui lui ajouta ses propres domaines en 1177.

Alphonse X « Le Sage » concéda à Cuenca le titre de ville. Celle-ci subit de nombreux sièges et fut saccagée par les troupes françaises pendant la guerre d'indépendance. Elle fut assiégée et prise par les Carlistes en 1874, détruisant une partie de la muraille.