Une occupation (au sens archéologique du terme) gallo-romaine est attestée par des vestiges d'importants marais salants et de villas, puis des Alains venus de l’Est, enfin un village de pêcheurs au milieu de marécages, aboutissent au Xe à la fondation de la future capitale de l'Aunis. Le château fort au début du XIIe siècle par les seigneurs de Mauléon et de Rochefort. Guillaume X, duc d’Aquitaine, devient par fait d'armes seigneur de La Rochelle en 1130 ; il a fait de La Rochelle un port libre.

La charte communale est accordée par Henri II d'Angleterre en 1175[1] et en 1199, La Rochelle élit son premier maire, Guillaume de Montmirail. Ce privilège lui est retiré par Louis XIII le 28 octobre 1628, à la suite de la révolte et de la capitulation de la ville après le Grand Siège, mené par le cardinal de Richelieu. Ce n’est que le 5 février 1718 que Louis XV rend de nouveau élective la mairie de La Rochelle, et la compose d’un maire, de quatre échevins, de dix conseillers et d’un procureur syndic.

La ville passe successivement du domaine du Roi de France, Louis VII, au Roi d’Angleterre, Henri II Plantagenêt. En 1224, Louis VIII assiège et rattache La Rochelle au domaine royal. En 1360, par le traité de Brétigny, la ville bascule dans le royaume d'Angleterre. En 1371, les Rochelais boutent les Anglais hors du château royal, mais n'ouvrent les portes à du Guesclin qu'après confirmation par Charles V des privilèges de leur ville — s'assurant ainsi une remarquable liberté vis-à-vis du pouvoir royal. Maire, échevins et leurs successeurs y gagnent aussi un droit de noblesse héréditaire et perpétuel. Dès lors la ville restera française. Le XIVe siècle amène une grande prospérité, dominée par le commerce des vins et eaux-de-vie d'Aunis et de Saintonge.

L'ouverture du marché anglais à la suite des secondes noces d’Aliénor d'Aquitaine en 1152, la présence des Templiers et des Hospitaliers de l'ordre de Saint-Jean de Jérusalem, fait rapidement de cette petite ville le plus grand port sur l'Atlantique.

Au XVIe siècle la doctrine de Calvin investit La Rochelle qui devient l'un des principaux foyers du protestantisme. Des sièges mémorables s'ensuivent : celui de 1573 par le frère du roi Charles IX, aboutit à un compromis ; celui de 1628, conduit par Richelieu en personne et au cours duquel le maire Jean Guiton immortalise la résistance héroïque de la cité, amène la construction d'une digue de 1 500 mètres pour isoler la ville de la mer et donc de ses alliés les Anglais, et s'achève avec sa reddition à Louis XIII.

La dynamique de prospérité continue cependant tout aussi forte jusqu'à la perte du Canada et de la Louisiane, deux destinations majeures de l'export rochelais, lors du traité de Paris de 1763.

La ville connait aussi une importante activité négrière. Dès la fin du XVIe siècle, des mentions datant de 1594-1595 nous informent du départ du navire l'Espérance, de La Rochelle à destination du Brésil. Elle est dès lors l'un des principaux ports négriers de France. En tête des expéditions françaises de traite au XVI e et XVIIe siècles, le port est dépassé par Nantes, puis Bordeaux durant le XVIIIe siècle. D'après l’historien Jean-Michel Deveau, auteur de La Traite Rochelaise, « près de quatre cent vingt-sept navires négriers sont partis de La Rochelle au XVIIIe siècle. Ils ont chargé environ cent trente mille captifs en Afrique, à destination des colonies de l'Amérique et principalement de Saint-Domingue »[2]. Le 26 avril 1792, le Saint-Jacques est le dernier navire négrier à quitter le port de La Rochelle au XVIIIe siècle.

 

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Actuellement, la création du port de la Pallice avec sa base sous-marine et son port d'escale en eau profonde, base de nombreuses lignes maritimes, et le développement de la pêche maritime, ont donné un nouvel essor à la cité. Le port de la Pallice a reçu le statut de grand port maritime en 2008.