Le parc est fondé en 1907 quand les Allemands investissent le territoire entre la rivière Swakop et la rivière Kuiseb et le déclarent parc national. Les limites du parc sont définies en 1978 par la fusion de ceux du désert du Namib et de la montagne de Naukluft avec l'adjonction d'autres régions naturelles comme le Sperrgebiet.

Le centre de formation et de recherche Gobabeb créé en 1962 est situé en bordure du parc.