La Terre de Feu est habitée au nord depuis environ 10 500 à 11 000 ans. Les rives du canal de Beagle, quant à elles sont habitées que depuis 7 000 ans. Les premiers habitants sont quatre peuples amérindiens que l'on peut distinguer en deux groupes. Le premier groupe est composé de deux peuples de chasseurs à pied, les Selknams et les Mánekenks (ou Haushs) qui vivaient pour les premiers la partie Nord de la Terre de Feu et pour les seconds, sa partie orientale (péninsule Mitre). Le deuxième groupe est composé des deux autres peuples de pêcheurs en canoë, les Yagans (ou Yámanas) et les Alakalufs (ou Kawésqars) qui vivaient le long des rives des canaux de Terre de Feu ainsi que de ses îles. Ces peuples peu nombreux étaient des nomades chasseurs-cueilleurs. On retrouve des traces archéologiques sur la partie côtière du parc national laissées par les Yamanas, appelées « conchales » ou « concheros ». Ces amas coquilliers sont des monticules souvent circulaires d'accumulation principalement de coquilles, de carapaces de mollusques et de crustacés, mais aussi de morceaux de bois brûlé ainsi que d'os de mammifères marins — comme les otaries à crinière ou à fourrure australe — qui composaient principalement leur régime alimentaire. Y ont été retrouvées également des têtes de flèches et de harpons qui confirment leur présence dans le parc. Les sites de vie — estimée à 200 dans le parc — composés de huttes précaires se situaient dans leur grande majorité à l'intérieur de baies profondes à plus de 300 mètres du canal Beagle principalement situées dans le secteur de la baie Lapataia et l'archipel Cormoranes.

La première rencontre avec les Européens se déroule février 1624 en la baie Nassau avec les marins de la flotte de Jacques L'Hermite. Elle se termine dans le sang avec la mort de cinq de ces hommes. Fitz Roy fera deux voyages dans la région au contact avec les natifs. C'est à la fin des années 1870 que l'exploration maritime s'intensifie dans la région avec en 1882 l'expédition de l'explorateur italien Giacomo Bove, entre 1882 et 1883 avec l'expédition pluridisciplinaire française de la mission scientifique du cap Horn sur le bâtiment de la marine française La Romanche commandé par le capitaine Louis-Ferdinand Martial. Les contacts s'intensifient avec les missions anglicanes notamment celle de Thomas Bridges, celle de la mission salésienne d'Alberto María De Agostini ou bien celle de Martin Gusinde.

Le parc est créé en 1960 par le décret 15.554, d’une superficie de 63 000 hectares dont le but est de préserver et conserver une partie de l’écosystème le plus austral du pays composée de forêt sub-antarctique[1]. Deux ans après la création du parc, le gouverneur Manuel Campos lance la construction d'un établissement hôtelier afin de répondre la demande d'hébergement touristique. Celui-ci sera baptisé « hôtel national Alakush » — nom yamana pour désigner le canard vapeur — et inauguré le 9 janvier 1965 avec une capacité de 30 lits. Il sera laissé à l'abandon à la suite d'un incendie survenu le 17 mai 1988. En 1968, le premier logement avec un bureau destiné à son intendant Sr. Jorge Reynoso est construit, la route no 3 est terminée ainsi qu'un bâtiment en bois à l’entrée principale du parc. En 1972, d’autres bâtiments se construisent destinés aux gardiens du parc et à leur famille. Entre 1974 et 1976, les aires de camping et leurs sanitaires sont créés. En 1979, des équipements de sécurité, de secours et contre les incendies sont installés alors que sont améliorés les bâtiments des gardiens. À partir des années 1980, des études scientifiques sont effectuées sur les impacts écologiques des mammifères introduits principalement le castor et le lapin. 33 231 visiteurs sont enregistrés entre janvier et février 1981. Un centre d’interprétation et un refuge sont inaugurés. C’est aussi durant ces années que se créent les sentiers, leur signalisation et leurs équipements afin de protéger la nature du passage des touristes et ralentir l’érosion des sols (escaliers, ponts…). En 1983, en parallèle avec la construction de l’office principal de la gestion du parc au centre-ville d'Ushuaïa, diverses initiatives destinées à conserver et à protéger l’environnement du parc sont élaborées comme le règlement et les recommandations destinés aux visiteurs et au guides touristiques ainsi qu'une politique éducative est initiée. En 1994, le train touristique est inauguré. Le parc enregistre 195 210 visiteurs en 2005[2]. En 2008, un centre d'accueil, d'information et d'interprétation sur la faune et la flore, un observatoire pour les oiseaux, ainsi qu'une salle de restaurant sont construits à l'emplacement même de l'ancien hôtel Alakush. Le parc accueille 262 262 visiteurs en 2009[3].