Le moine Enni (1202-1280), également connu sous son nom posthume Shōichi Kokushi (聖一国師?), rapportera de son apprentissage en Chine auprès du moine Wuzhun Shifan (en japonais : Bujun Shiban, 1177-1249), entre 1235 et 1241, une forme dérivée du Rinzai, la branche Shōichi, dont le Tōfuku-ji sera le siège. Il y ramènera également un portrait de son maître, offert par ce dernier lors de son séjour en Chine et qui y est encore conservé. C'est l'un des plus anciens portraits chan chinois parvenus au Japon et il fut un modèle fidèlement imité par la suite.

Le Tōfuku-ji fut de nombreuses fois détruit, notamment en 1319, en 1334 et en 1881. Il fut partiellement reconstruit en 1347, après les incendies de 1319 et de 1334 et un certain nombre de dirigeants politiques (Fujiwara, Ashikaga, Toyotomi Hideyoshi, Ieyasu Tokugawa…) y firent construire de nouveaux bâtiments par la suite.

L'école de peinture Kanō-ha (狩野派) a également travaillé au Tōfuku-ji. Kanō Takanobu (1571-1618) y complète, à la demande de l'empereur Go-Yōzei, la série des cinquante peintures représentant les Cinq Cents Rakan commencée par Minchō.