Toniná connut son apogée durant la période classique tardive bien que la vallée d'Ocosingo était inhabitée depuis la fin de la période pré-classique. L'avènement de Toniná coïncida avec un changement de dynastie au VIIe siècle. Les très anciens "Seigneur du lignage du monde souterrain" furent remplacés par la lignée nommée "Squelette de serpent-Griffe de Jaguar". Cette nouvelle dynastie, ambitieuse et militariste[1], contesta le pouvoir régional de Palenque. Comme souvent, la nouvelle élite dirigeante construisit au-dessus des réalisations de sa prédécesseur, ajoutant une nouvelle couche.

Durant la période de renouveau qui suivit, Palenque et les villages l'entourant furent attaqués par Toniná, d'après certaines découvertes par le fils même de K'inich Janaab' Pakal I[2],[3]. Conjointement à Calakmul, la ville harcela constamment Palenque à partir de 690[1]. Elle captura au moins trois seigneurs de Palenque. L'un d'entre eux, Kan-Xul II, fut décapité autour de 720. En 730, Toniná mit à sac Palenque, contribuant à son déclin. La ville atteignit son apogée dans la décennie suivante. Elle était connue comme le "Lieu des Captifs célestes" car elle avait fait prisonnier de nombreux captifs importants. Ceux-ci étaient en général libérés contre de fortes rançons ou décapités. De nombreuses sculptures de Toniná représentent des captifs soumis à la torture ou décapités.

Autour de 900, la ville fut reconstruite dans un style plus simple et plus austère. Le dernier seigneur de Toniná mentionné est "Jaguar Serpent" en 903. C'est la dernière fois que Toniná aurait été constituée en société organisée. La présence de stèles trouvées sur le site et datant de 909 suggère que Toniná résista au déclin maya et resta une société active après la chute de plusieurs cités contemporaines. Beaucoup des ornementations de Toniná étant en stuc, les plus anciennes d'entre elles sont absentes car elles ont été détruites ou simplement érodées au début de la période post-classique. La cité en ruines fut habitée par intermittence et ses tombes réutilisées par une population d'origine inconnue, peut-être des Mayas, mais aux pratiques culturelles différentes, notamment dans la façon d'inhumer leurs morts, que les archéologues ont choisi de baptiser a posteriori les 'cheneks'[4].