Bonaire foi descuberta polos españois en 1499, nunha expedición dirixida por Alonso de Ojeda e Américo Vespucio.

Esta pequena illa chamouse primeiro Illa do Brasil. Os indios caiquetio e os arauacos, que habitaban a illa cando esta foi descuberta, foron descritos polos españois como homes que vivían na Idade de Pedra e refuxiábanse en miserables chozas de adobe.

Como parte da colonización española, os indios foron escravizados e enviados, en 1515, ás minas de cobre da illa de A Española.

Os restos da poboación indíxena de Bonaire poden observarse nalgúns dos actuais habitantes da illa. De feito a maioría da poboación é mulata, con minorías de europeos (descendentes dos holandeses) e africanos (descendentes dos escravos).

Os holandeses compraron Curaçao aos portugueses en 1634, pois necesitaban encarecidamente unha base naval na súa guerra contra os españois. Bonaire e a veciña Aruba caeron en mans dos holandeses no ano 1636 e convertéronse nunha colonia holandesa.

A Compañía Holandesa das Indias Occidentais comezou en 1639 a produción de sal, a cal é hoxe en día unha parte moi importante da economía da illa, xunto co turismo subacuático.

En 1800, e durante algúns anos, a illa foi controlada por piratas franceses e ingleses. Os holandeses non recuperaron o control ata o ano 1816.

As Antillas Neerlandesas, incluíndo Bonaire, convertéronse en Territorio autónomo dos Países Baixos en 1954, no momento en que este país garantiulles economicamente o desenvolvemento dos seus propios recursos con subvencións.

Bonaire pasou a ser, en xaneiro de 1986, un territorio do Reino dos Países Baixos, que agora se compón dos Países Baixos, as Antillas Neerlandesas (Bonaire, Curaçao, Saba, San Eustatius e San Marteen) e Aruba.

Este feito permite que o desenvolvemento do turismo e dos outros recursos económicos quede en mans das Antillas Neerlandesas, mentres que a defensa e asuntos exteriores son responsabilidade dos Países Baixos.