האלטשולה שימש מ-1835 את "האגודה לשיפור הפולחן היהודי" בראשות לאופולד צונץ ואחריו מיכאל זקש, שהנהיגה סדרי תפילה מתוקנים עם עוגב (שלא הופעל בשבת), ובשנות ה-60 החליטה הקהילה להרוס את המבנה הישן, שהוחלף בבניין החדש שהושלם ב-1868.

המבנה מעוטר בעיטורי זהב ובאריחים צבעוניים המחקים את סגנון האדריכלות המורי, סגנון אשר נתן למבנה את כינויו. למרות שמו של בית הכנסת, הקהילה שהתפללה בו לא הייתה קהילה מיוצאי ספרד אלא אשכנזית. בית הכנסת נודע גם בשם ה"טמפל" (Tempel). המבנה תוכנן על ידי האדריכל ווייצק איגנאץ אולמן.

במהלך מלחמת העולם השנייה הנאצים השתמשו בבית הכנסת כמחסן עבור תשמישי קדושה יהודיים שנבזזו בכל רחבי אירופה. עשר שנים לאחר המלחמה הוא הוחזר לידי הקהילה היהודית של פראג. לאחר שנים של הזנחה, המבנה שופץ בשנות ה-90 של המאה ה-20 ונפתח מחדש ב-1998. כיום הוא חלק מהמוזיאון היהודי בפראג ומשמש גם כאתר לקונצרטים. בין היתר שוכנת בו תערוכה של תשמישי קדושה וכלי כסף מקהילות יהודיות שחרבו באירופה. האתר מושך מבקרים רבים, יהודים ושאינם יהודים, בשל יופיו הרב. כיום הוא משמש את הקהילה הקונסרבטיבית המקומית "בית פראג".