על גבול בית הקברות היהודי העתיק, הקים הגביר מרדכי מייזל בין השנים 1590–1592 מתחם בתי כנסת שכלל בתוכו גם את ישיבתו של המהר"ל מפראג. ב-1689 נשרף הרובע היהודי בפראג כליל ובתוכו גם מתחם בתי הכנסת, הקלויז נבנה מחדש בסגנון הבארוק ובנייתו הושלמה בשנת 1694. בערך באותו זמן נבנו בפראג עוד שלושה בתי כנסת בסגנון דומה אך עם שיפוץ הרובע היהודי בסוף המאה ה-19 נהרסו כולם, ורק הקלויז של מייזל נותר כנציג לסגנון הבנייה בתקופתו.

הקלויז היה לאחד מהמרכזיים שבבתי הכנסת של הקהילה היהודית בפראג. נישאו בו הספדים על אישים חשובים והתכנסו בו אסיפות עם. רבני בית הכנסת נמנו עם חשובי הרבנים בקהילת פראג, בהם: רבי אלעזר פלקלס, רבי שמואל קוידר, רבי אפרים ליב טעוועלס ורבי ברוך ייטלס.

בין השנים 1883–1884 שופץ המבנה בידי האדריכל בדְרְזִ'יך מינצברגר (Bedřich Münzberger), נעשו בו שינויים מבניים ונבנתה גלריה רחבה יותר עבור עזרת הנשים. חלונות הוויטראז' נוספו בתקופה זו, וכך גם עיצוב החזית כפי שהיא נראית עד היום.

במהלך מלחמת העולם השנייה, הושחת פנים בית הכנסת. והמבנה שימש כמחסן של המוזיאון היהודי המרכזי, אליו נאספו תשמישי קדושה יהודיים בידי אנשי האס-אס.

לאחר המלחמה נערכו במבנה שיפוצים אחדים. וכיום הוא משמש כאחד מחללי התצוגה של המוזיאון היהודי בפראג.