ההתיישבות הקדומה באי זה החלה בתקופת הברונזה (התרבות הטליוטית). בין העמים הקדמונים שישבו במנורקה היו הפיניקים, היוונים והקרתגים (אלו האחרונים ייסדו שתי ערים חשובות שכיום ידועות בשם מאון וסיודדלה). המצביא הרומאי קווינטוס קאיקיליוס מטלוס (שלימים יקבל את השם בלאריקוס) כבש בשנת 123 לפנה"ס את מנורקה ואת שאר האיים הבלאריים למען האימפריה הרומית. בשנת 427 לספירה הוונדלים כבשו את מנורקה, אולם עם נפילת הממלכה הוונדלית וכיבוש האי על ידי המצביא הביזנטי בליסריוס, מנורקה הפכה לחלק מהאימפריה הביזנטית.

בשנת 903 האי נכבש על ידי הערבים שסיפחו אותה לחליפות קורדובה. אלפונסו השלישי, מלך אראגון כבש את מנורקה בשנת 1287, ותושביה המוסלמים של מנורקה הוגלו מהאי או שהפכו לעבדים. עם מותו של אלפונסו השלישי ירש אחיו חיימה השני, מלך אראגון את מנורקה, וב-1295 מסר אותה לחיימה השני, מלך מיורקה, כך שמנורקה הייתה לחלק מממלכת מיורקה. אולם כעבור כמה שנים ממלכת מיורקה (ויחד איתה מנורקה) שוב סופחה לממלכת אראגון.

תחת שלטון אראגון מנורקה נהנתה משגשוג כלכלי, אולם החל מסוף המאה ה-14 מנורקה סבלה משקיעה כלכלית ומהידלדלות האוכלוסייה. המשבר נמשך עד למאה ה-17 ובשיאו האי כמעט והתרוקן מתושביו. בין הסיבות למשבר זה היו מאבקים בין האיכרים לבין האריסטוקרטיה ומתקפות חוזרות ונשנות מצד עמים שונים. בין עמים אלו היו העות'מאנים שאף הצליחו להחריב את העיר מאון (1535) ואת בירת האי דאז, סיודדלה (1558).

בשנת 1708, בזמן מלחמת הירושה הספרדית, האי נכבש על ידי הבריטים. במסגרת הסכם אוטרכט (1713), שסיים את מלחמת הירושה הספרדית, ספרד נאלצה למסור לבריטניה באופן רשמי לא רק את מנורקה אלא גם את גיברלטר. כמושבה בריטית מנורקה החלה להתאושש כלכלית, כאשר הבריטים הפכו את העיר מאון לבירת האי, לבסיס ימי ולמרכז מסחר חשוב בים התיכון. השליטה הבריטית במנורקה נקטעה בשנת 1756, במהלך מלחמת שבע השנים, כאשר צרפת כבשה את האי, אולם בריטניה קיבלה אותו שוב לשליטתה עם חתימת חוזה פריז (1763). במלחמת העצמאות של ארצות הברית כוחות צרפתיים-ספרדיים הביסו את הצבא הבריטי וכבשו את מנורקה ב-1782, אולם כעבור שנים אחדות, ב-1798, הבריטים שוב הצליחו להעביר את האי לשליטתם. השליטה הבריטית במנורקה הסתיימה באופן סופי עם חתימת הסכם אמיין ב-1802, שהעביר את מנורקה לשליטת ספרד הנמשכת עד היום.