ישנה מחלוקת בנוגע לעמים המקוריים של נמיביה. המפורסמים ביותר הם הבושמנים (נקראים גם סן); משערים שהם קיימו את ההתיישבות המוקדמת ביותר באזור הנקרא כיום נמיביה, בוטסואנה ודרום אפריקה. הבושמנים היו ציידים-לקטים וחיו כנוודים. הדברים החשובים ביותר בהרכב התזונה שלהם היו פירות, אגוזים ושורשים, אך מלבד זאת הם גם צדו סוגים שונים של אנטילופות. לאחר זמן קבוצות אתניות אחרות התיישבו בנמיביה - במאה ה-9 שבט הדמארה, במאה ה-17 שבט ההררו ובמאה ה-19 שבט ההימבה.

במאה ה-19 נעו איכרים לבנים ("אורלמים") לכיוון נמיביה מדרום, תוך שהם הודפים את השבטים הקויטאנים הילידים, שהקימו התנגדות עזה לאורך נהר האורנג'. תחת הנהגתו של ג'ונקר אפריקנר, ניצלו האורלמים את עדיפותם בנשק והשתלטו על אדמות המרעה הטובות ביותר. אפריקנר הוכר כ"שליט עליון" וקיבל מס שהעלו לו בני הנאמה. לאחר מכן השתלטו האורלמים גם על אדמותיהם של שבטי ההררו והדמארה.

הקבוצה האחרונה שהגיעה לנמיביה לפני בוא האירופאים, היו הבאסטרים (בגרמנית: Baster, שמשמעותו "ממזר" או "בן כלאיים") - צאצאים של גברים לבנים ונשים אפריקאיות (שחורות), רובן משבט הנאמה. למרות שהחשיבו את עצמם לבנים, כשהגיעו האירופאים הם דחקו את רגליהם ואילצו אותם לנדוד. הם התיישבו במרכז נמיביה, שם ייסדו את העיר וינדהוק.

בשנת 1793 החליט השלטון הגרמני במושבת הכף להשתלט על מפרץ ואלוויס. ב-1797 כבשו הבריטים את מושבת הכף וכן את ואלוויס ביי, אך הן הגרמנים והן הבריטים לא הרחיקו לפנים הארץ. קבוצה שדווקא גילתה עניין בפנים הארץ הייתה המיסיונרים. ב-1805, החברה המיסיונרית של לונדון החלה לפעול בנמיביה. ב-1811 הם הקימו את העיר ביתניה בדרום נמיביה, ובנו בה כנסייה שהיא כיום הבניין העתיק ביותר בנמיביה.

רק במאה ה-19 כשהחל המירוץ לאפריקה, החלו מדינות אירופאיות לגלות עניין בנמיביה. הבריטים שלטו על ואלוויס ביי והגרמנים ייסדו את דרום-מערב אפריקה הגרמנית בדרום המדינה ב-1884. גרמניה קיבלה גם את רצועת קפריבי לאחר הסכמי הליגולנד-זנזיבר בשנת 1890. זמן לא רב לאחר מכן פרץ מרד של שבט הנאמה כנגד השלטון הגרמני, שהסתיים בהסכם בין הצדדים ב-1894. בתחילת המאה ה-20 החל זרם גדול של גרמנים להגיע לנמיביה, בעיקר בגלל גילוי מרבצי יהלומים. בשנת 1904 פרץ מרד נוסף של שבטי הנאמה וההררו כנגד הגרמנים. המרד דוכא באכזריות רבה במה שנודע כרצח העם של ההררו והנאמה, וההשערה היא שרוב בני ההררו ומחצית משבט הנאמה נהרגו - יותר מ-65,000 בני הררו וילידים אחרים.

היהודים בנמיביה נהנו מביטחון יחסי דווקא במקום שבו הגרמנים החלו בהדרגה לנסות פרקטיקות שדור אחר כך שימשו אותם בתקופת השואה. חיילים גרמנים דחקו את בני השבטים ילידי המקום לאזורי המדבר, ומדענים גרמנים הגיעו לשם לבצע ניסויים אכזריים. מוריו של יוזף מנגלה, שאז היו מרצים בבית ספר לרפואה, התלמדו על הנמיביים, שאותם כינו "תת אדם". היינריך גרינג, אביו של הרמן גרינג, שירת כמושל בנמיביה[1].

לאחר מלחמת העולם הראשונה העניק חבר הלאומים לדרום אפריקה את המנדט לאחיזה מנהלית ותחיקתית בחבל דרום-מערב אפריקה; מנדט זה אמור היה להסתיים עם הקמת האו"ם בשנת 1946, אך דרום אפריקה סירבה לוותר על אחיזתה בשטח. המאבק בין האו"ם ובין דרום אפריקה הוביל לדיונים משפטיים בפני בית הדין הבינלאומי לצדק.

בשנת 1966 החל מאבק מזוין לעצמאות של "ארגון העם של דרום-מערב אפריקה" (South West African People's Organization;‏ SWAPO) המרקסיסטי בראשותו של סם נוג'ומה. בסוף הסכימה ממשלת דרום אפריקה לוותר על שליטתה בשטח במסגרת תוכנית שלום של האו"ם. ב-21 במרץ 1990 קיבל החבל עצמאות, וקמה מדינת נמיביה[2]. בשנת 1994 הועברו לנמיביה העיר ואלוויס ביי וסביבתה שהיו עד אז מובלעת דרום-אפריקאית.