במשך יותר מחמישים שנה ליקט האדריכל והנדבן הצ'יליאני סרחיו לראין גרסיה-מורנו אוסף חשוב של חפצים פרה-קולומביאנים. הקריטריונים שלפיהם רכש לראין את הפריטים היו אסתטיים גרידא ולא חשיבות אנתרופולוגית, ועם זאת הוא יצר אוסף שלם של חפצים המייצגים אמנות אמריקאית מקיפה.[1]

במהלך שנות השבעים של המאה ה-20 הורה לראין לעורך הדין חוליו פיליפי (Julio Philippi) להכין מודל משפטי שמטרתו ליצור מוסד שיכלול את החפצים מהאוסף הפרה-קולומביאני. המודל הוביל להקמת קרן משפחתית (Fundación Familia Larraín Echeñique), שמטרתה להקים מוזיאון המיועד לשימור, מחקר והצגה של אוסף זה.

בראשית שנות השמונים חתמה הקרן הסכם עם עיריית סנטיאגו שבו נקבעו ההתחייבויות לתשלום הוצאות התשתיות וההוצאות הכלליות של המוזיאון, שפתח את שעריו לראשונה בדצמבר 1981.

הוצאות התפעול של המוזיאון מתחלקים בין עיריית סנטיאגו, משרד התרבות הצ'יליאני (Ministerio de las Culturas, las Artes y el Patrimonio) והכנסות המוזיאון. הכרטיסים לתושבי צ'ילה מסובסדים, כך שתיירים משלמים מחיר שהוא פי 8 מהמחיר לתושבים המקומיים.