לאור מחקרים ארכאולוגיים שנערכו באזור הפארק הועלתה השערה ולפיה המקום מיושב מזה אלפי שנים, וכי האומות הראשונות השתמשו במעיינות החמים זמן רב לפני בואו של האדם הלבן. ובנוסף ייחסו קדושה לבריכות הבוץ. אזורים אלו בפארק שימשו כאתרי עריכת טקסים עבור אינדיאנים מכל הרי הרוקי. הועלתה גם השערה כי האומות הראשונות השתמשו בפארק באופן עונתי כנתיב תנועה מכיוון מזרח לכיוון מערב. בני שבט הקטונאקסה נהגו להגיע לשטחי הציד שלהם דרך מספר מעברי הרים באזור הפארק.

ככל הנראה הזרים הראשונים שהגיעו לפארק היו סוחרי פרוות והרפתקנים. התיעוד הראשון לביקור כזה מתוארך לשנת 1841, כאשר סר ג'ורג' סימפסון עבר דרך הפארק במהלך הקפת כדור הארץ. לאחר מכן עבר במקום ג'יימס סינקלייר, שהוביל משלחת מתיישבים לכיוון העיר ואללה ואללה באזור שבו נמצאת כיום מדינת וושינגטון בארצות הברית. ב-1858 הגיעה לקצה הצפוני של הפארק משלחת פאליסר.

בתחילת המאה ה-20 הופעל לובי למען בניית כביש שיקשר בין וינדרמיר לבאנף. הפארק הוקם ב-1920 מתוקף הסכם בין פרובינציית קולומביה הבריטית לממשלת קנדה, שבו נקבע כי ייבנה כביש מהיר ששני צדדיו יוכרזו כשטח מוגן. רצועת קרקע ברוחב 8 קילומטרים מכל צד של כביש באנף-וינדרמיר החדש הוכרזה כפארק הלאומי קוטניי. במשך השנים הורחב תפקידו של הפארק להגנה גם על נכסי תרבות, וכיום יש בו 97 אתרים ארכאולוגיים, אתר היסטורי לאומי ואתר ועדת המונומנטים, בניין מורשת פדרלי אחד, ועתיקות רבות.