המאוזוליאום הוא אחד המבנים הראשונים שאוגוסטוס הורה על בנייתם לאחר ניצחונו בקרב אקטיום בשנת 31 לפנה"ס.

במאוזוליאום נקברו מרקוס קלאודיוס מרקלוס, מרקוס ויפסניוס אגריפה, אוקטביה, דרוסוס, לוקיוס קיסר, גאיוס קיסר, אוגוסטוס, גרמניקוס, דרוסוס הצעיר, ליוויה, נירון יוליוס קיסר, אגריפינה, טיבריוס, קלאודיוס, בריטניקוס, פופיאה סבינה, נרווה ויוליה דומנה (שני האחרונים לא השתייכו לשושלת היוליו-קלאודית).

בשנת 411 בזזו הגותים את המאוזוליאום.

במהלך ימי הביניים ביצרו את המבנה והפכו אותו לטירה של משפחת קולונה, עד גירושה מרומא בשנת 1167, אז נהרסה הטירה.

במהלך המאה ה-19 שימש המבנה זירה לקרבות שוורים. רק בשנות ה-30 של המאה ה-20 החלו לבצע במקום חפירות ארכאולוגיות, במסגרת השאיפה של השלטון הפשיסטי לחדש את הדרה של רומא.