המצודה הוקמה בין השנים 1176-1183 על ידי השליט האיובי צלאח א-דין, ובוצרה כדי להתגונן מפני הצלבנים. מספר שנים לאחר שהכניע את השושלת הפאטמית, החליט צלאח א-דין להקיף בחומה אחידה את הערים קהיר ופוסטאט, כך שכוח צבאי יחיד יוכל להגן על שתיהן, והמצודה תהווה את חלקה המרכזי של החומה. החומה הושלמה רק לקראת אמצע המאה ה-13, זמן רב לאחר מותו של השליט. המצודה, הבנויה על צוק למרגלות גבעות מוקאטם, הייתה במהלך השנים יעד קשה לכיבוש. היא שימשה כמרכז השלטוני של מצרים עד שנות ה-60 של המאה ה-19, כאשר בהחלטת שליט מצרים איסמאעיל פאשה, עבר מושב הממשלה לארמון עאבדין החדש בשכונת איסמאעיליה.

בין השנים 1828-1848 הקים שליט מצרים מוחמד עלי מסגד במרומי המצודה, וקרא לו על שם בנו, טוסון פאשה, שנפטר בשנת 1816. מרגע הקמתו הפך המסגד, הבנוי בסגנון עות'מאני, לסימן ההיכר של המצודה, ויש שמכנים אותה "מצודת מוחמד עלי" בשל כך. מוחמד עלי, שהיה שליט חסות עות'מאני וכבש את מצרים מידי הממלוכים בשנת 1805, ביצע שינויים רבים במבנה המצודה, במטרה למחוק את עברה הממלוכי. עלי קבע את חלקה הצפוני של המצודה כמקום מושבו, ואת חלקה הדרומי, אשר בתקופת השלטון הקודם היה אזור מגורים, פתח לשימוש הציבור. בנוסף למסגד מוחמד עלי קיימים בשטח המצודה שני מסגדים נוספים - מסגד א-נסיר מוחמד קאאלון של השושלת הבחרית מהמאה ה-14 ומסגד סולימאן פאשה מהמאה ה-16 אשר היה המסגד הראשון בשטח המצודה שנבנה בסגנון עות'מאני.

בשטח המצודה קיימים כיום ארבעה מוזיאונים: מוזיאון אל-גווארה, מוזיאון הכרכרות, המוזיאון הצבאי המצרי ומוזיאון המשטרה.

על הקיר המערבי של המצודה נמצא תבליט של עיט צלאח א-דין, המוצג בסמלים של מדינות ערביות שונות. העיט הוא בלי ראש וההנחה היא כי במקור היה עיט דו-ראשי. העיט מהווה כיום את סמלו של צלאח א-דין, אם כי העיט עצמו הוא מתקופה מאוחרת יותר.