Saladinov orel iz citadele je postal grb Egipta in drugih arabskih narodov.

Citadelo je fortificiral kurdski vladar iz rodbine Ajubidov Salah al-Din (Saladin) med letoma 1176 in 1183, da bi jo zaščitil pred križarji [1]. Le nekaj let po tem, ko je premagal Fatimidski kalifat, se je Saladin odločil zgraditi obzidje, ki bi obvarovalo tako Kairo kot Fustat. Saladin je zapisal: »Z obzidjem bom naredil dve mesti Kairo in Fustat kot edinstveno celoto, tako da ena vojska lahko brani obe in verjamem, da je dobro, da jih obkrožim z enim samim zidom od obale do obale Nila«. Citadela bi bila središče tega. Učinkovitost položaja citadele je bila zgrajena na izviru pod hribom Muqattam, ki je otežil napad, še bolj dokazano z dejstvom, da je ostala srce egipčanske vlade do 19. stoletja [2]. Citadela je postala sedež vlade, ko se je egipčanski vladar Isma'il Paša preselil v novo zgrajeno palačo Abdin v soseski Ismailija v 1860-ih. Medtem ko je bila Citadela dokončana leta 1183-1184, je bilo Saladinovo obzidje v izgradnji še leta 1238, dolgo po njegovi smrti.

Za oskrbo z vodo je Saladin zgradil 85 metrov globok Jožefov vodnjak [3] (tako imenovan, ker je bil Saladinovo rojstno ime Yūsif), in ga je še danes mogoče videti. Ta vodnjak je znan tudi kot Spirala, ker je dostop sestavljen iz 300 stopnic, narejenih okrog notranjosti vodnjaka. Ko je voda prišla do površine, je tekla v Citadelo po vrsti akvaduktov. V času vladavine al-Nasirja Muhammeda, Jožefov vodnjak ni uspel zagotoviti dovolj vode za številne živali in ljudi, ki so živeli v citadeli. Da bi povečal količino vode, je Nasir zgradil vodovodni sistem, sestavljen iz številnih vodnih koles na Nilu, s pomočjo katerih je voda prešla na obzidje in nato v Citadelo po Saladinovem omrežju.

Izboljšave oskrbe z vodo niso bile samo Nasirjeva dopolnitev Citadele, ki je bila med mameluškim obdobjem predmet številnih različnih dodatkov. Najbolj opazen prispevek Nasirja je bila mošeja. Leta 1318 je Nasir rekonstruiral ajabidsko strukturo in jo spremenil v mošejo imenovano po njem. Struktura je bila še dodatno dopolnjena leta 1335. Drugi prispevki v Citadeli med Nasirjevo vladavino je južni zaprt prostor (dokončal je Saladinovo severno obzidje) in stanovanjsko območje s prostorom za harem in dvorišče. Pred Nasirjevim delom na Citadeli, so Baybari zgradili dvorano pravičnosti in hišo zlata.

Citadela se včasih imenuje tudi citadela Mohameda Alija (arabsko قلعة محمد علي Qala'at Muḥammad'Alī), ker vsebuje mošejo, ki jo je na vrhu citadele zgradil Mohamed Ali Paša med letoma 1828 in 1848[4].

Ta osmanska mošeja je bila zgrajena v spomin na Tusun pašo, drugega sina Mohameda Alija, ki je umrl leta 1816. Vendar pa predstavlja tudi prizadevanja Mohameda Alija za izbris simbolov dinastije Mameluk, ki jo je zamenjal. Ko je osmanski vladar Mohamed Ali Paša prevzel nadzor nad Mameluki leta 1805, je spremenil številne dodatke k Citadeli, ki so odražali prejšnje voditelje v Kairu. Ena očitna sprememba je povezana z uporabo severnih in južnih zaprtih prostorov. Med obdobjem Mamelukov je bil južni ograjen prostor stanovanjsko območje, vendar je Mohamed Ali vzel severni ograjen del kot kraljevo rezidenco, ko je prevzel oblast. Zatem je javnosti odprl južno dvorano in učinkovito uveljavil svoj položaj novega voditelja [5].

Mošeja je druga značilnost Citadele, ki odraža vladavino Mohameda Alija. Ta značilnost, s svojo veliko kupolo in očitno otomanskim vplivom na arhitekturo, sije nad Citadelo še danes. Predhodno uničenje palače Mamelukov je omogočilo prostor za čudovito mošejo, ki je bila največja struktura iz začetka 19. stoletja. Postavitev mošeje na prostoru, kjer so nekoč vladali Mameluki, je bil očiten napor, da bi izbrisali spomin starejših vladarjev in zagotovili pomen novega voditelja. Mošeja je tudi zamenjala mošejo al-Nasirja kot uradna državna mošeja.