בתקופה שלאחר בנייתו ואט פהו היה קשור לעיר שרסטאפורה, ששכנה על גדת הנהר מקונג מזרחית להר לינגפארוואטה (כיום פהו קאו). לקראת סוף המאה ה-5 העיר הפכה לעיר הבירה של ממלכה שטקסטים וכתובות מקשרים עם צ'נלה וצ'אמפה, והמבנה הראשון על ההר נבנה בתקופה זו בקירוב. ההר זכה לחשיבות דתית כיוון שעל פסגתו הייתה בליטה בצורת לינגאם; מסיבה זו ההר נחשב לבית של שיווה, והנהר נחשב כמייצג של האוקיינוס או נהר הגנגס. לפיכך, המקדש הוקדש לשיווה ומימי המעיין, שנבע בדיוק מתחת למקדש, נחשבו לקדושים.

מקורו של האתר הוא ככל הנראה בעיר שרסטאפורה, היכן שחפירות ארכאולוגיות חשפו עדויות לקיום יישוב המתוארכות לתקופה שלפני שנת 600. עם זאת, התפתחות המתחם כולו קשורה לשלבים השונים בהתפתחותה של אימפריית הקמר בין המאה ה-7 למאה ה-12. שושלת של מלכים, שמרכז הכוח שלה היה ככל הנראה במחוז צ'אמפאסאק בעיר אנגקור, הרחיבה את שליטתה מהעיר איסאנאפורה עד שהיא כללה את כל קמבודיה המודרנית ואף חלקים ממזרח תאילנד. ההשערה היא שתקופת השגשוג של המקדש הייתה במהלך המאות הללו. חשיבותו ההיסטורית של המקדש נובעת מהתפקיד שלו כמרכז אימפריאלי ומהדוגמה למאפייני דת הודיים שהיו בו, כאשר האזור שמסביבו הושפע מדתות סיניות.

ההתפתחות המשמעותית האחרונה בצ'אמפאסאק הייתה במאה ה-11, זמן קצר לפני התמוטטותה של אימפריית הקמר. לא נמצאו עדויות לכך שהבניינים תוחזקו מאז. המתחם עצמו, בניגוד למה שהוא היה במהלך האלף הראשון לספירה, עבר לידי מאמיני הטהרוואדה הבודהיסטיים ונותר מאז במצבו זה. האזור שמסביב למקדש הפך ליער, וזה אופי השטח שאיתו התמודדו האירופאים הראשונים שהגיעו לאזור במהלך המאה ה-19. בשנים שלאחר מכן בוצעו במקום שינויים מעטים בלבד, וזאת לפני שהאתר עבר לשימוש בודהיסטי. מצב זה נמשך גם כאשר המקדש עבר לשליטת עם הלאו, ובכל פברואר נערך במקום פסטיבל דתי. במקום בוצעו עבודות שיקום קלות, מלבד שיקום העמודים שתוחמים את השביל.