בצפונו של חצי האי קטאר נמצאו שרידי אמנות סלע ואתרי קבורה העשויים להעיד על קיומו של יישוב עונתי פרהיסטורי באזור, אולם הראיות לכך מועטות. הממצאים המוקדמים ביותר המעידים על התיישבות קבע בפנים חצי האי הם מהמאה ה-9, עת נשלט בידי העבאסים, וייתכן שעובדה זו נקשרה לסחר בפנינים. לאורך חופי חצי האי הופיע מספר ניכר של יישובים רק בין המאות ה-14 וה-18. יישובים אלה בוצרו, והם מראים כי תושביהם עסקו בדיג ובשליית פנינים. בסביבתה של מצודת א-זובארה נמצאו כפרים רבים, מאחזים ומאהלים, התואמים את ההתפתחות ההיסטורית האלה - תחילה בפנים הארץ, ולאחר מכן בקרבת החוף. א-זובארה עצמה נוסדה, ככל הנראה, במאה ה-18 כעיר חקלאית שקמה באתר בו שכן קודם לכן כפר קטן. ייסודה נזקף להגירת שבטי בני עותבה (بني عتبة) מכווית, אשר ביקשו לנצל את מרבצי הפנינים בחופי קטאר, וביצוריה מעידים על כך שיריבות שררה בינה לבין ערי חוף סמוכות. העיר התפתחה כתוצאה מזרם הגירה של סוחרים מבצרה שבעיראק ומכווית, אשר נמשכו אליה בשל מעמדה כנמל חופשי ואשר העניק להם פטור ממיסוי. בשנות ה-70 של המאה ה-18 הייתה א-זובארה לעיר הגדולה במפרץ הפרסי.

באותה עת נתגלעו מחלוקות בין בני עותבה לבין המושל הפרסי של בחריין הסמוכה, ואלה הובילו לסדרה של התנגשויות; אך ב-1783 פלשו בני עותבה לבחריין בחסותה של כווית, והגדילו את תחום השפעתם גם אליה. בני עותבה נהנו ממעמד עצמאי דה פקטו, והעבירו את נאמנותם בין עומאן, איראן ושבטים והאבים שונים מחצי האי ערב, עד שב-1811 התקיף הסולטאן של עומאן את א-זובארה ושרף אותה עד היסוד. היישוב בעיר התחדש אך היה קטן פי שלושה מזה שלפני החורבן, והעיר איבדה את בכורתה באזור. ב-1895 הייתה העיר מעורבת במאבק בין האימפריה העות'מאנית ובחריין, ובמהלכו הוטבעו 44 ספינות דאו בנמלה. עקב כך ננטשה העיר כמעט לחלוטין.

המחקר בעיר החל בראשית שנות ה-80 של המאה ה-20 ונמשך בשנים 2002-2003, אך רק כ-2.5% משטחה נחקרו. ב-2009 החל פרויקט בן עשר שנים לחקר האתר, והממצאים שנחשפו בשתי עונות החפירה הראשונות שפכו אור רב על תולדות העיר וקשריה עם סביבתה.