Bergent 1070-ben alapították Olav Kyrre király uralkodása alatt, régi neve Bjørgvin volt. A középkorban Skandinávia egyik legfontosabb városa volt. Itt történt Skandinávia első koronázása 1163-ban: V. Magnus norvég királyt koronázták meg és a középkori Norvégia (Norgesveldet) fővárosa is volt 1314-ig. A 13. század végétől a Hanza-szövetség egyik legfontosabb telepe (kontor) működött itt, főként az északi partokról érkező szárított tőkehal miatt.

A német kereskedők külön városrészben éltek, melyben 2000 hivatalnok is dolgozott. A Hanza városrészt kerítéssel el is kerítették a többi városrésztől és a kikötő vár melletti részét foglalta el. A Hanza-házakat 1979-ben nyilvánította az UNESCO a világörökség részévé. A Hanza-házakban nem volt szabad tüzet gyújtani, csak egy központi házban. A Hanza-hivatalnokok és kereskedők a német középosztályból kerültek ki és cölibátust fogadtak. Egy bizonyos hivatali idő ledolgozása után visszatértek hazájukba.

1349-ben egy Bergenben kikötő angol hajó legénysége terjesztette el a fekete halált Norvégiában. A 15. században számos kalóztámadást élt át a város, és 1429-ben felégették a királyi várat és a város nagy részét.

1536-ban a király elérte, hogy a németek előjogai megszűnjenek. Bergen továbbra is Skandinávia legnagyobb városa volt, és 1850-ig a legnagyobb maradt Norvégiában. Az északi partokkal való kereskedelem monopóliumát 1789-ig őrizte meg.

1916-ban a város nagy része egy tűzvész martalékává vált. A második világháború alatt, 1940. április 9-től német megszállás alatt volt. 1972-ben egyesítették a szomszédos településekkel, és elveszítette megyei jogait.