Գոնդերը նեգուս Ֆասիլիդասը հիմնել է մոտավորապես 1635 թվականին[1]։ Ֆասիլիդասն այստեղ կառուցել է յոթ եկեղեցի, այդ թվում՝ Ֆիթ-Միքայելը և Ֆիթ-Աբոն։ Նրա նախաձեռնությամբ Գոնդերը 1638 թվականին դարձել է Եթովպիայի մայրաքաղաքը և երկրի մայրաքաղաքն է եղել մինչև 1855 թվականը։ Քաղաքում պահպանվել է Ֆասիլ Ղեբի ամրոցը, որը կառուցվել է պորտուգալացի ինժեներների և ճարտարապետների մասնակցությամբ, 12 աշտարակներով քաղաքի բարձր պատը, ավելի քան քառասուն քրիստոնեական եկեղեցիները, միջնադարյան սինագոգները, ինչպես նաև Ֆասիլիդասի և Կուսկվամի լոգարանները։

1888 թվականի հունվարի 23-ին Գոնդերը գրավվել է, թալանվել և ավերվել կեղծ խալիֆ Աբդալլահ իբն-Մուհամադի սուդանյան «դերվիշների» կողմից։ Տգետ ֆանատիկոսներն այրել են բոլոր եկեղեցիները։

1979 թվականին Ֆասիլ-Ղեբին և Գոնդերի ամբողջ տարածքը ներառվել են ՅՈՒՆԵՍԿՕ-ի համաշխարհային ժառանգության ցուցակում։