Pembangunan Biara Fransiskan (Sacro Convento) dan bagian bawah serta bagian atas Gereja (Basilica inferiore e superiore) Fransiskus Assisi dimulai tak lama setelah kanonisasi orang suci tersebut pada tahun 1228. Simone di Pucciarello menyumbangkan tanah untuk gereja ini, di bukit sebelah barat kota Assisi, dikenal dengan julukan "Bukit Neraka" (dalam Bahasa Italia Collo d'Inferno - disini tempatnya para penjahat dieksekusi mati). Hari ini bukit tersebut secara tepat dinamai "Bukit Surga".

Peletakan batunya dilakukan oleh Paus Gregorius IX pada tanggal 17 Juli 1228 walaupun pembangunannya sudah dimulai sebelumnya. Gereja yang mengesankan ini dirancang dan diawasi oleh Bruder Elia Bombardone, salah satu pengikut pertama Santo Fransiskus dan mantan menteri wilayah Suriah. Bagian bawah basilika diselesaikan pada tahun 1230. Pada Hari Pentakosta tanggal 25 Mei 1230 jasad Santo Fransiskus yang tidak rusak dipindahkan dalam suatu prosesi yang khusyuk ke bagian bawah basillika dari tempat makam sementaranya di Gereja St. George (sekarang Basilika Santa Clara dari Assisi). Pembangunan bagian atas basilika ini dimulai setelah tahun 1239. Pembangunannya diselesaikan pada tahun 1253. Arsitekturnya merupakan sintesis dari gara Romanesko dan karya seni Gothik Prancis, yang kemudian melahirkan banyak ciri-ciri dari arsitektur Gothik Italia.

 Basilika dan tempat tinggal para frater, terlihat sesuai pandangan dari bawah