Dua nelayan Kenya, Dalmas Tembo dan George Kibebe, mengklaim sebagai penghuni pertama di pulau itu.[butuh rujukan] Ketika mereka menetap di sana pada tahun 1991, pulau ditutupi oleh rumput liar dan banyak burung dan ular tinggal di sana.[1] Joseph Nsubuga, seorang nelayan Uganda, mengatakan bahwa dia menetap di Migingo pada tahun 2004, dan dia hanya menemukan sebuah rumah kosong di pulau itu.[2] Selanjutnya, nelayan lain — dari Kenya, Uganda, dan Tanzania — mulai berdatangan ke pulau itu karena kedekatannya dengan daerah penangkapan ikan yang kaya dengan ikan kakap putih. Pada tahun 2009, orang Kenya mengklaim ikan kakap putih merupakan miliki mereka karena ikan tersebut tidak ada berkembang biak di Uganda (tanah Uganda terdekat dan air tawar Uganda terdekat berjarak 85 kilometer (53 mil)).[3]

Pada Juni 2004, menurut pemerintah Kenya, polisi laut Uganda mendirikan tenda di pulau itu dan mengibarkan bendera Uganda dan bendera departemen kepolisian mereka. Polisi Uganda dan Kenya sejak itu menduduki pulau pada berbagai waktu.[4]

Perselisihan diplomatik antara kedua negara muncul pada Februari 2009, ketika warga Kenya yang tinggal di Migingo diharuskan membayar izin khusus dari pemerintah Uganda.[5]

Pada tanggal 12 Maret 2009, siaran pers pemerintah Uganda mengusulkan agar masalah tersebut diselesaikan melalui survei. Sebagai pedoman, batas-batas yang ditetapkan oleh Koloni Kenya dan Ordo Protektorat di Dewan, 1926, yang disalin ke dalam konstitusi Uganda yang mengidentifikasi garis batas sebagai tangensial menyentuh ujung barat Pulau Piramida, dan kemudian berjalan dalam garis lurus ke barat, dari utara ke ujung barat Pulau Ilemba di Kenya.[6]

Pada 13 Maret 2009, beberapa menteri pemerintah, termasuk menteri luar negeri - Kenya Moses Wetangula dan Uganda Sam Kutesa - bertemu di Kampala, Uganda, dan mencapai kesepakatan bahwa para nelayan dari kedua negara diizinkan untuk terus melakukan bisnis seperti biasa, sampai batasnya ditentukan oleh para ahli. Mereka juga setuju bahwa Uganda akan menarik 48 polisi yang dikerahkannya di Migingo.[7]

Pada tanggal 27 Maret 2009, menteri Uganda dan Kenya melakukan perjalanan ke pulau di mana mereka mengadakan negosiasi dan berbicara kepada penduduk. Ini berakhir ketika Wakil Perdana Menteri Pertama Uganda Eriya Kategaya mempermasalahkan Menteri Pertanahan Kenya James Orengo menyebut delegasi Uganda sebagai "hyena" selama pertemuan tersebut.[8] Delegasi Kenya menuntut Uganda menarik polisinya. Namun, delegasi Uganda bersikeras bahwa mereka akan menghapus bendera hanya setelah berkonsultasi dengan presiden mereka dan penempatan polisi Uganda di sana bertujuan menjaga hukum dan ketertiban. Asisten Menteri Keamanan Dalam Negeri Kenya, Orwa Ojode, membalas bahwa dia akan mengirim polisi Kenya ke pulau itu.[8] Di tengah kekhawatiran bahwa perselisihan dapat mempengaruhi kerja sama antara kedua negara, dalam Komunitas Afrika Timur, baik Museveni dan Presiden Kenya Mwai Kibaki telah menyuarakan keyakinan bahwa perselisihan tersebut, termasuk hak penangkapan ikan, akan diselesaikan secara damai.[9][10]

Pada tahun 2008–2009, pulau migingo diklaim oleh Kenya dan Uganda. Pada bulan Juli 2009, tim survei menemukan bahwa pulau itu terletak 510 meter (1.670 kaki) di sebelah timur perbatasan Kenya–Uganda di dalam danau, sebuah temuan yang didukung oleh citra Google Earth yang tersedia secara terbuka.[11][12] Sejak 1926, kepemilikan teritorial pulau itu secara konsisten ditunjukkan di peta dan dalam bahasa di dokumen resmi sebagai Kenya.[3]

Sebagian besar, protes Uganda berkisar pada hak penangkapan ikan yang menguntungkan serta sebagian besar untuk tempat ikan kakap putih yang berharga,[13] dan perairan Uganda berada dalam jarak 510 meter (1.670 kaki) dari pulau itu. Pada Juli 2009, pemerintah Uganda mengubah posisi resminya, dengan menyatakan bahwa meskipun Pulau Migingo adalah Kenya, sebagian besar perairan di dekatnya adalah Uganda.[14] Pulau itu telah diklaim oleh pemerintah Uganda sejak tahun 2008 hingga 11 Mei 2009 ketika Presiden Uganda Yoweri Museveni mengakui bahwa pulau itu berada di Kenya, tetapi terus menunjukkan bahwa para nelayan Kenya menangkap ikan secara ilegal di perairan Uganda, yang terletak di sebelah barat dari Migingo.[15]

Uganda menarik pasukan militernya, dan setuju bahwa semua petugas polisinya akan meninggalkan pulau itu.[7] Garis demarkasi ulang bersama perbatasan diluncurkan pada 2 Juni 2009 untuk memulihkan dan menempatkan penanda survei di darat, membuat penggambaran batas di danau lebih tepat, dengan hasil yang dirilis pada akhir Juli 2009 yang menegaskan bahwa pulau itu jatuh 510 meter (1.670 kaki) di sisi garis Kenya.[11][12]