San Miniato fu il primo martire della città. Era probabilmente un mercante greco o un principe armeno in pellegrinaggio a Roma. Si racconta che, intorno al 250, arrivato a Firenze, iniziò la vita di eremita e che fu decapitato durante le persecuzioni anticristiane dell'imperatore Decio che si allontanò poi dal luogo dell'esecuzione con la testa del martire in mano arrivando dall'altra parte dell'Arno sul luogo del suo eremitaggio dove ora sorge l'attuale basilica, sul Mons Florentinus. In seguito, su questo luogo, fu eretto un santuario e, nell'VIII secolo, una cappella. La costruzione dell'attuale chiesa iniziò nel 1018 sotto il vescovo Alibrando e proseguì sotto l'imperatore Enrico II. I monaci dell'ordine benedettino, che la fondarono, aderirono in seguito alla congregazione Cluniacense e infine furono sostituiti, nel 1373, da quelli della congregazione Olivetana, che vi abitano tutt'oggi. I monaci producono famosi liquori, miele e tisane, che vendono in un negozio adiacente alla chiesa