Bonaire fu scoperta e occupata nel 1499 da una spedizione spagnola guidata da Alonso de Ojeda. L'isola era abitata da indios caiquetio e arauachi che, stando a quanto riportato dagli scopritori europei, vivevano in misere abitazioni di mattoni di fango, in condizioni di estrema arretratezza. I locali aruachi chiamavano Bonaire Bojtay, cioè "terre basse".

Gli indios vennero ridotti in schiavitù e deportati nell'isola di Hispaniola (l'odierna Santo Domingo), per esservi impiegati nel lavoro delle miniere.

Gli olandesi presero poi possesso dell'isola acquistandola dai portoghesi nel 1636, per utilizzarla nella loro guerra di corsa contro gli spagnoli.

Nel 1639 la Compagnia Olandese delle Indie Occidentali diede inizio alla produzione di sale, ancora oggi una delle principali attività economiche di Bonaire.

A partire dal 1800 l'isola fu più volte occupata dai pirati francesi e inglesi, con gli olandesi che riuscirono a riprenderne possesso solo nel 1816.

Le Antille Olandesi divennero poi una regione autonoma del Regno dei Paesi Bassi nel 1954.