I francescani si stabilirono a Porto all'inizio del XIII secolo. Nel 1233 fu loro assegnato un terreno per la costruzione di una chiesa. Dispute con il vescovo di Porto circa il confini dell'appezzamento e la resistenza delle autorità religiose fecero sì che i lavori di costruzioni durante il XIV secolo fossero a più riprese rimandati. La divergenza fu sanata con l'intervento nel 1244 di papa Innocenzo V, che con la bolla Dolentis accepimus confermò il possesso del terreno all'ordine francescano. Si poté allora iniziare la costruzione delle fondazioni del convento e di una primitiva chiesa, modesta e ad unica navata.

Nel 1383 si diede inizio alla costruzione della chiesa attuale, per impulso del decreto di Ferdinando I, speciale protettore dei francescani. L'edificio fu portato a compimento nel 1410. La nuova chiesa rappresentò un ampliamento significativo dello spazio interno, con tre navate di cinque campate, transetto più alto e abside tripartito cinto da contrafforti.

Il modello planimetrico adottato è simile a quello messo in opera in moltissime chiese portoghesi degli ordini mendicanti a partire dal XII secolo. Una caratteristica regionale importante è la presenza di motivi lacrimali decorati con sfere nella parte superiore del presbiterio, di origine galiziana.[1] La struttura della chiesa non ha subito alterazioni significative ed è il migliore esempio di architettura gotica di Porto.

Durante il regno di Giovanni I fu realizzata una pittura murale della Signora della Rosa, attribuita ad António Florentim, una delle più antiche pitture murali che si conservano intatte in Portogallo.

Lungo i secoli XV e XVI varie famiglie preminenti di Porto divennero patroni dei francescani e finanziarono diverse cappelle laterali. Uno degli esempi notevoli è la cappella di San Giovanni Battista, costruita negli anni 1530 per la famiglia Carneiro, e disegnata da João de Castilho con motivi manuelini.

Il principale intervento artistico fu intrapreso nella prima metà del XVIII secolo, quando la maggior parte delle superficie interne, pareti, colonne, cappelle laterali e volta, furono rivestite con talha dourada barocca.

Nel 1833, gli edifici conventuali adiacenti alla chiesa furono distrutti da un incendio, che ebbe origine dal fuoco delle truppe migueliste al termine dell'assedio di Porto. Dopo l'incendio, il chiostro in rovina fu demolito per la costruzione del Palazzo della Borsa, un esempio notevole di architettura neoclassica del XIX secolo. Con l'abolizione degli ordini religiosi ad opera del ministro liberale Joaquim António de Aguiar nel 1834, la chiesa fu ridotta a magazzino per la dogana nuova di Porto, fino al 1839.

Dal 1910 è classificata monumento nazionale.